Fue Sumo Pontífice del año 236 al 250, por 14 años.

El historiador Eusebio cuenta que al morir el Papa San Antero, el clero de Roma se reunió junto con los fieles creyentes, para elegir al nuevo Papa, y que estando allí reunidos, vieron descender una paloma sobre la cabeza de Fabián. No habían pensado elegirlo a él porque todavía no era sacerdote. Pero ante esta señal, lo eligieron, y fue ordenado sacerdote y consagrado obispo. San Cipriano dijo de él: "Fue un hombre muy santo, y la gloria de su martirio correspondió a la gran pureza de su vida". El emperador Decio ordenó en el 250 una terrible persecución contra los cristianos y al primero que mandó matar fue al Papa San Fabián.

Se dice de él que entró a la vida militar para poder ayudar a los cristianos que estaban prisioneros. Una vez un mártir estaba para desanimarse a causa de las lágrimas de sus familiares, pero el militar Sebastián lo animó a ofrecer su vida por Jesucristo, y así aquel creyente obtuvo el glorioso martirio. Dicen los antiguos documentos que Sebastián era Capitán de la Guardia en el Palacio Imperial en Roma, y aprovechaba ese cargo para ayudar lo más posible a los cristianos perseguidos.

Pero un día lo denunciaron ante el emperador por ser cristiano. Maximino lo llamó y lo puso ante la siguiente disyuntiva: o dejar de ser cristiano y entonces ser ascendido en el ejército, o si persistía en seguir creyendo en Cristo ser degradado de sus cargos y ser atravesado a flechazos. Sebastián declaró que sería seguidor de Cristo hasta el último momento de su vida, y entonces por orden del emperador fue atravesado a flechazos. En Roma le levantaron desde muy antiguos tiempos una basílica en su honor. Ha sido invocado por muchos siglos como su Patrono contra las flechas envenenadas y para librarse de plagas y enfermedades. San Ambrosio pronunció hermosos sermones acerca de San Sabastián. Es patrono de los arqueros, los soldados y los atletas.