Los sanfermines nacieron en la época medieval como feria comercial y fiesta secular, usando para ello las fechas de fiestas religiosas cristianas, que a su vez usaban fechas festivas de orígenes más anteriores, como la del paganismo vasco y latino. A comienzos del siglo XIII se celebraban unas ferias comerciales tras la noche de San Juan, entre el día 23 y el 24 de junio, coincidiendo el comienzo del verano. A esta festividad le seguía la de San Pedro y luego estaba la de Santiago, el 25 de julio, justo un mes después; y en medio, San Fermín.
Como las ferias eran lugares de encuentro de mercaderes, ganaderos y aldeanos, eran también pretexto para festejar y comenzaron a organizarse corridas de toros como parte de la tradición. Así nacieron, en alguna fecha probablemente a finales del siglo XVI, algo que podríamos considerar propiamente los primeros Sanfermines. Hay otra fecha emparentada al final del verano, el 10 de octubre, en que se organizaba una feria en Pamplona, de siete días de duración, desde el año 1324, por privilegio del rey Carlos I de Navarra y IV de Francia. En 1381 por privilegio del rey Carlos II de Navarra, pasó a ser feria franca, coincidiendo también entonces con festividades religiosas. Estas dos ferias y fiestas, al inicio y al final del verano, se unificaron para aprovechar el mejor tiempo, comenzando el día séptimo del séptimo mes: el 7 de julio. Aunque todavía en la actualidad, a finales del verano, se celebran los llamados "sanfermines txikis" (pequeños sanfermines) sólo celebrado por los propios navarros.
Consta que el Regimiento (Ayuntamiento de entonces) celebró una fiesta ya en las nuevas fechas, el 7 de julio de 1591, con el siguiente programa: - Pregón de Fiestas, muy ceremonial. - Torneo con lanzas en la actual Plaza del Castillo. - Teatro: "Comedia y Tragedia del Bienaventurado San Fermín". - Danzas, procesión por las calles, etc. El día siguiente, se celebró una corrida de toros.
Fueron pasando los siglos, sin grandes cambios en los Sanfermines. Pero desde 1950 aproximadamente, los cambios han sido acelerados. En primer lugar, por el incremento del nivel de vida. El pueblo (Pamplona tendría unos veinte mil habitantes) se juntaba en la Plaza Consistorial para recoger al Ayuntamiento y acompañarlo a la iglesia de San Lorenzo, donde en la capilla de San Fermín se celebraban, las Vísperas, en la tarde del 6 de julio. Tras la misa, pueblo y autoridades regresaban de la iglesia al Ayuntamiento, igualmente por la calle Mayor.
Desde 1950, aproximadamente, los Sanfermines vienen evolucionando tanto como la sociedad. Han perdido mucho de su componente religioso, aunque la procesión sigue siendo multitudinaria y presenta algunos "momenticos" especialmente entrañables, como la jota que se canta al Santo en la Plazuela del Consejo o el Agur jaunak interpretado en su honor en el lugar, frente a la iglesia de San Cernin en que se dice que fue bautizado. El "riau-riau", con el que el pueblo acompañaba, a los sones del "Vals de Astráin", al Ayuntamiento en corporación, retardando lo más posible su marcha desde la Casa Consistorial hasta la iglesia de San Lorenzo, para celebrar aquí las Vísperas del Santo, ha tenido que suspenderse porque en los últimos años había sido ocasión de protestas y disturbios. Ahora bien, recientemente se está volviendo a festejar -originalmente, por iniciativa de clubs de jubilados-, aunque sin la corporación municipal.