Macoco, yo utilizo XnView que es gratuito y hace las cositas que normalmente necesito, no es un PSP pero tiene funciones bastante útiles, una de ellas la transformación de las imágenes a casi cualquier formato.
En efecto, cuando le doy a cambiar formato me considera iguales el JPG - JPEG / JFIF su extensión e JPG
También tiene estos otros formatos similares:
JP2 - JPEG-2000 JP2 File Format su extensión es JP2
JP2 - LauraWave JPEG-2000 Format su extensión es JP2
JPC - LuraWave JPEG-2000 Code Stream su extensión es JPC
JPC - JPEG-2000 Code Stream su extensión es JPC
La verdad es que nunca me puse a mirar la diferencia entre estos formatos, pero en tu caso me pregunto si será que tus archivos llevan la extensión JPEG de 4 caractéres y necesitan que sea de 3, en ese caso prueba simplemente cambiándole la extensión a los archivos. Por ejemplo, yo todas las fotos las tengo con extensión JPG y he hecho una prueba cambiándola en una por JPEG. El archivo se abre perfectamente pero con otro reproductor de fotos, ya que al habitual (XnView) no le tengo asignada la extensión JPEG.