El ambiente religioso de la primera mitad del siglo XIX en los Estados Unidos pronto le hizo labrarse algunos seguidores, pero muchos más enemigos. Algunos aspectos de las doctrinas presentadas por Smith ofendían a las denominaciones cristianas ya establecidas, y otros, como la poligamia o sus intentos de establecer una especie de teocracia en un país que estaba construyendo su identidad nacional sobre la separación entre Iglesia y Estado, resultaban intolerables para buena parte de la opinión pública americana. Tras su expansión inicial, la tirantez entre miembros y no miembros de la iglesia mormona se fue intensificando, obligando a Smith a trasladar su sede en varias ocasiones hasta ser detenido en el estado de Illinois, donde se hallaba en proceso de construir un segundo templo con sus seguidores, entre los que se encontraba un nutrido grupo de conversos europeos. Smith fue imputado varias veces bajo acusaciones de escándalo público e intentos de establecer una teocracia. En 1844 estimuló la supresión de un periódico que había publicado acusaciones contra él; poco después fue arrestado en Carthage, acusado de sedición. La cárcel en la que estaba retenido fue asaltada por una multitud que logró llegar a su celda y darle muerte.

Smith es considerado por sus seguidores como un profeta, vidente y revelador al mismo nivel que Moisés, Isaías y otros antiguos profetas bíblicos. Sus revelaciones defienden la necesidad de restaurar la iglesia cristiana original, que se habría perdido poco después de la muerte de los 12 apóstoles en el proceso que los mormones llaman la "Gran Apostasía". Para sus detractores, en cambio, habría sido una víctima de autoengaño en el mejor de los casos o un embaucador con talento en el peor.