Eusebio de Cesarea (Historia Ecclesiastica, III.1) cita un texto de Orígenes, que vivió en la primera mitad del siglo iii, en el que afirma que Tomás fue el apóstol de los partos. Sin embargo, Tomás es más conocido como evangelizador de la India (al este de Partia), según se relata en los Hechos de Tomás (hacia 200). En Edesa, donde se veneran sus reliquias, el poeta Efrén el Sirio (muerto en 373) escribió un himno, en que el diablo exclama:

...¿En qué lugar escaparé del justo?

Incité a la Muerte a que acabase con los Apóstoles, para escapar así a sus golpes. Pero ahora se me golpea aún más duramente: el Apóstol del que escapé en la India me ha alcanzado en Edesa; aquí y allí me encuentro con el mismo.

Allí donde yo voy está él: aquí y allí lo encuentro, para mi desgracia.

Se han conservado varios himnos al apóstol Tomás, atribuidos a Efrén el Sirio, en códices de los siglos VIII y IX, que transmiten la tradición según la cual los restos de Tomás fueron llevados a Edessa desde la India por un mercader. Las reliquias, según la citada tradición, obraron milagros tanto en la India como en Edessa.

Las diversas denominaciones de los modernos Cristianos de Santo Tomás creen, según una tradición no escrita que según ellos se remonta a finales del siglo ii, que Tomás desembarcó en Kodungallur en el año 52, y fundó las iglesias popularmente conocidas como 'Ezharappallikal' (Siete Iglesias y Media). Estas iglesias eran las de Kodungallur, Kollam, Niranam, Nilackal (Chayal), Kokkamangalam, Kottakkayal (Paravoor), Palayoor (Chattukulangara) y Thiruvithamkode (la media iglesia).

Los Hechos de Tomás describen, en su capítulo 17, la visita de Tomás al rey Gondofares, en el norte de la India. Según este texto (capítulos 2 y 3), Tomás viajó a la India por mar. Que tales viajes eran posibles es conocido a través de textos como el Periplo del Mar Eritreo. En 1872 se descubrió que el rey Gondofares había existido realmente, y había reinado entre los años 21 y 47. Posiblemente, el autor de los Hechos de Tomás manejó datos históricos fidedignos en lo referente a la India; esto, no obstante, no constituye prueba alguna de historicidad en lo referente al supuesto viaje del apóstol.

Según la tradición, Tomás sufrió martirio en la India el 3 de julio del año 72. Por esa razón su festividad se celebra el 3 de julio.

En el siglo xvii el matemático e historiador mexicano Carlos de Sigüenza y Góngora defendió que el apóstol Santo Tomás había predicado en las Indias, no en la India, y que su recuerdo se habría transformado en los nativos prehispánicos en la figura de Quetzalcóatl. En 1790, al descubrirse en la Plaza de Armas de la Ciudad de México, importantes reliquias prehispanas, la estatua que se identificó con Coatlicue y la Piedra del Sol o Calendario Azteca, el abogado mexicano José Ignacio Borunda,¹⁵​ retomó estas teorías, creyendo encontrar en el análisis de esos documentos históricos confirmación a la identificación de Santo Tomás con Quetzalcóatl, asegurando además que el manto de la Virgen de Guadalupe era en realidad la capa de Santo Tomás Quetzalcóatl en la que la Virgen en persona habría impreso su huella. Estas suposiciones fueron aceptadas y defendidas por el padre dominico Servando Teresa de Mier en un sermón que pronunció ante el arzobispo de México y el virrey de la Nueva España el 12 de diciembre de 1794, en la Insigne y Real Colegiata de Nuestra Señora de Guadalupe, en la solemne festividad de la milagrosa aparición de dicha santa imagen, produciendo una gran conmoción (en tanto negaba la milagrosa aparición de la imagen) que llevó a que se abriera un proceso, en el que se desautoriza por extravagante la suposición de hacer al apóstol Santo Tomás en la América del siglo i.¹⁶​

Leyenda de Santo Tomás (Pa’i Sumé) en Paraguay

Un antiguo relato indígena narra que, mucho tiempo antes de la llegada de los conquistadores europeos, anduvo por América un hombre alto, de barba blanca y gran sabio, llamado Sumé o Tumé (Avaré Sumé marangatú) que vino a enseñar el arte de la agricultura, a sembrar el maíz y la mandioca y sobre todo enseñó las virtudes y uso de la yerba mate. Terminada su misión se volvió al mar, dejando huellas de sus pisadas. Estas se encuentran en diversos cerros (Tacumbú en Asunción, Santo Tomás, Cristo Rey en Caacupé y Yaguarón, entre otros) del Paraguay y son llamadas Santo Tomé pyporé. Así) en diversos cerros: … Pa'í Sumé es un héroe cultural de los guaraníes, adaptado por los primeros misioneros cristianos, quienes lo identificaron con Santo Tomás, que se había adelantado para preparar la venida de ellos. Los nativos usaban, para sus viajes a la costa y al Paraguay, un sistema de caminos conocido con el nombre de «Peavirú», y también con el nombre de «Camino de Santo Tomás», que marcaba los lugares por donde anduvo Tumé. El cacique Marakaná, del Guairá, relató la leyenda de Pa'í Tumé a los Padres Cataldino y Mazzeta.¹⁷​

El escritor peruano Ricardo Palma, autor de las llamadas Tradiciones peruanas realizadas en el siglo xix, escribió una donde recoge la idea de que Santo Tomás también estuvo en esa nación americana. Se trata de su historia titulada La sandalia de Santo Tomás, publicada por primera vez en 1877 en la cuarta serie de tradiciones.¹⁸