Al español fray Juan de Zumárraga los documentos de la época lo presentan como "humanista, apóstol, hombre de gobierno y hombre de Dios". Nacido en Durango (Vizcaya) en 1475-1476, de familia noble y católica practicante, su vocación le vino del trato con los franciscanos de su tierra. Ingresó en la Provincia de la Concepción, probablemente en el convento del Abrojo (Valladolid), fundado por el reformador San Pedro Regalado, Allí obtuvo una buena formación franciscana y teológica, se ordenó sacerdote y ejerció como guardián, antes de ser nombrado definidor y provincial.

En 1527, iendo aún guardián del Abrojo, tuvo ocasión de celebrar todos los ritos de Semana Santa en presencia del emperador Carlos V, de quien recibió algunos encargos, el cual, sorprendido por su serenidad y devoción, ordenó que le dieran una abundante limosna, que fray Juan repartió enseguida a los pobres. "Por este mérito y por muchos otros" el emperador lo lo envió primero al país vasco como inquisidor para unos procesos de brujería, y en diciembre de 1527 lo presentó para primer obispo de la capital de México, con el título de "protector de los indios". Vencida su resistencia, se presentó en la nueva sede, aún no erigida canónicamente, a finales del año siguiente, al mismo tiempo que llegaba a México la primera Audiencia, marcada por el desorden, la tiranía y abusos de todo género, robos y crímenes.

Como buen franciscano, mediante la oración, la consulta del Evangelio y el estudio de la nueva realidad, pensó que su primer deber pastoral debía ser ofrecer a la nueva Iglesia mexicana una organización robusta, tratando de acercar a dos razas y culturas distintas, protegiendo y convirtiendo a unos y poniendo freno a la otra, evitando la rivalidad entre órdenes religiosas y formando un clero secular. Cuenta su primer biógrafo que "Sobrepasando los límites del ámbito estrictamente eclesiástico, con mirada penetrante, entró en el campo social y económico". Fundó algunos pequeños hospitales para los indígenas que morían por falta de asistencia (Hospital del Amor de Dios), pensó en organizar la agricultura y ganadería, casi inexistente, para alimentar a los indígenas de los poblados, creó centros de instrucción para hombres y mujeres, abrió colegios y centros educativos (Colegio San Juan de Letrán, Santa Cruz de Tlatelolco), encargó a Andrés de los Olmos que emprendiera una investigación acerca de las antigüedades mexicanas y asentó las bases para la futura Universidad de México. Claramente influido por los humanistas de Erasmo de Rotterdam, hizo traer de Europa la primera imprenta de América y escribió publicó varios libros que tuvieron gran importancia en el proceso de evangelización ("La breve y más compendiosa doctrina", Manual de adultos", etc.). Todo ello, naturalmente, con la ayuda de muchos franciscanos misioneros que vivían con él, algunos con grandes capacidades morales, intelectuales y formación universitaria.

La historia nos habla del tierno amor de fray Juan de Zumárraga por los indios convertidos, "un amor como el de un padre por sus hijos". Trabajaba, sufría por ellos y no se cansaba de servirlos. A quienes le recomendaban que no se acercara a los indios desarrapados y malolientes "porque su excelencia no es joven y está enfermo y puede hacerle daño tratar con ellos", el obispo fray Juan, con una serenidad típicamente franciscana, respondía: "Son ustedes quiénes emanan mal olor y vuestro perfume me provoca rechazo y náusea. Ustedes buscan tanto la vanidad y viven en la molicie como si no fuesen cristianos. Para mí estos indios huelen a cielo y me consuelan y me sanan. Me enseñan a soportar las asperezas de la vida y la penitencia que tengo que hacer, si quiero salvarme".