Al igual que Pedro Mártir de Anglería, en abril de 1520 Las Casas conoció a los indígenas totonacas que fueron llevados ante la presencia del nuevo monarca por Alonso Hernández Portocarrero y Francisco de Montejo, ambos emisarios de Hernán Cortés; un par de meses más tarde en Santiago de Compostela el Consejo de Castilla autorizó a Las Casas llevar a cabo el proyecto para crear una colonia pacífica en el territorio de Cumaná, para que él aplicase sus teorías, las cuales consistían en poblar la tierra firme, sin derramar sangre y anunciar el evangelio, sin estrépito de armas.^[13]

Volvió a las Indias en 1520, intentando poner en marcha su encomienda, siempre en contra de la esclavitud de los indios, el proyecto fracasó porque en su ausencia los indios se rebelaron. Desengañado, entró en la Orden de Santo Domingo, quienes por entonces estaban elaborando una reflexión sobre el derecho en la Escuela de Salamanca, criticando muchos aspectos de la colonización de América y entre ellos el sistema de encomiendas. A partir de 1521 se retiró para dedicarse al estudio de la teología, la filosofía y el derecho canónico y medieval, y comenzó a escribir su Historia de las Indias.

En 1535 regresa a América donde intenta de nuevo un programa de colonización pacífica en Guatemala, donde obtiene un relativo éxito; vuelve de nuevo a España en 1540 y en Valladolid, visita de nuevo al rey Carlos I. Éste, prestando oídos a las demandas de Las Casas y a las nuevas ideas del derecho de gentes difundidas por Francisco de Vitoria, convocó al Consejo de Indias, en las que se conocen como Juntas de Valladolid o Comisión de Valladolid.

Como consecuencia de lo que se discutió, se promulgaron el 20 de noviembre de 1542 las Leyes Nuevas. En ellas se prohibía la esclavitud de los indios y se ordenaba que todos quedaran libres de los encomenderos y fueran puestos bajo la protección directa de la Corona. Se disponía además que, en lo concerniente a la penetración en tierras hasta entonces no exploradas, debían participar siempre dos religiosos, que vigilarían que los contactos con los indios se llevaran a cabo en forma pacífica dando lugar al diálogo que propiciara su conversión. A finales de ese mismo año terminó de redactar en Valencia su obra más conocida, Brevísima relación de la destrucción de las Indias, dirigida al príncipe Felipe (futuro Felipe II), entonces encargado de los asuntos de Indias.

Se le ofreció el obispado de Cuzco, importantísimo en aquel momento, pero Las Casas no aceptó, aunque sí aceptó el obispado de Chiapas en 1543, con el encargo de poner en práctica sus teorías. Residió allí durante dos años para regresar definitivamente a España en 1547. Durante su obispado en Chiapas residió en la Ciudad Real de Chiapas, hoy llamada San Cristóbal de las Casas en su honor.

Renunció a su obispado y continuó con su labor de defensa de los indios hasta su muerte, lo que le valió ser conocido como el Apóstol de los Indios. En Valladolid, entre 1550 y 1551, mantuvo una polémica con Juan Ginés de Sepúlveda («La controversia de Valladolid») sobre la legitimidad de la conquista, se discute quién ganó esta controversia, ya que ambos se consideraron ganadores, sin embargo los trabajos de Ginés de Sepúlveda no obtuvieron autorización para ser publicados. Bartolomé de Las Casas murió en Madrid en 1566.

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