San Martín nació en Yapeyú, provincia argentina de Corrientes, el día 25 de febrero de 1778.
Su padre, don Juan de San Martín, era el gobernador del departamento; su madre, doña Gregoria Matorras, era sobrina de un conquistador del Chaco.
En 1786 se traslada a España con su familia, donde estudia primero en el Seminario de Nobles de Madrid y luego, en 1789, inicia su carrera militar en el regimiento de Murcia. Sirve en las filas de España durante las guerras contra los franceses y en 1808 combate en la batalla de Baylén contra los ejércitos de Napoleón que habían invadido la Península.
En Cádiz conoce a otros militares de América del Sur y se enrola en las logias que promovían la independencia. En 1811 renuncia a su carrera militar en España y se embarca desde Inglaterra hacia el Río de la Plata en la fragata George Canning, donde arriba el 9 de marzo de 1812 acompañado por otros patriotas.
El gobierno independiente de Buenos Aires acepta los servicios de San Martín, reconoce su grado de teniente coronel y le encarga crear un cuerpo de combate que luego sería el glorioso regimiento de Granaderos a Caballo. En ese mismo año se casa con María de los Remedios de Escalada, que pertenecía a una distinguida familia del país y crea la logia Lautaro, cuyo objetivo era liberar América del Sur del yugo español. En octubre de 1812, los miembros de la logia encabezan un movimiento que tiene por objeto remover algunos miembros del Primer Triunvirato. Entonces, pacíficamente, el Cabildo nombra al Segundo Triunvirato, quienes, al poco tiempo, llaman a una asamblea de delegados de las provincias con el fin de dictar una constitución.
El 3 de febrero de 1813 los Granaderos a Caballo vencen en un combate, en las barrancas de San Lorenzo, a las fuerzas de desembarco realista que arribaron con varias naves desde el puerto de Montevideo.
En enero de 1814 San Martín toma el mando del ejército del Norte, de manos de Belgrano que regresaba derrotado del Alto Perú —hoy la república de Bolivia—. Se encuentran en la Posta de Yatasto y desde entonces los dos patriotas entablan una larga amistad.
Al poco tiempo de encontrarse San Martín en Tucumán, se dio cuenta que era imposible llegar a Lima, que en ese momento era el centro del poder realista, por el camino terrestre del Alto Perú. Fue entonces que el Coronel concibió la idea, que luego realizaría con éxito, de cruzar la cordillera y atacar la Ciudad de los Virreyes por el mar.
Una enfermedad lo obliga a pedir licencia y consigue que lo nombren Gobernador de Cuyo, y parte para Mendoza, al pie de la cordillera de los Andes. Allí se repone y comienza a preparar un ejército para cruzar la cordillera.
En 1816 envía, por la provincia de Cuyo, delegados al congreso que se reunía en Tucumán con órdenes expresas de insistir en la declaración de la independencia. La declaración de la independencia de España se aclamó el 9 de julio de ese año.
Desde Mendoza prepara con escasos medios un ejército. Todo el pueblo contribuye con su trabajo y con sus bienes para realizar la peligrosa expedición. Insiste ante el gobierno de Buenos Aires a que autorice a sus tropas el cruce de la cordillera.
En enero de 1817 comienza el cruce del ejército, alrededor de 4000 hombres, la caballería, la artillería de campaña y las provisiones para un mes. Cruzaron divididas en dos columnas por el paso de Los Patos y por el de Uspallata, y se encontraron en Santa Rosa de los Andes.

El 12 de febrero de 1817, pocos días después del paso de la Cordillera, el ejército de los Andes vence a los realistas en la batalla de Chacabuco y a los pocos días el Libertador entra en la ciudad de Santiago. El Cabildo se reunió el día 18 y designó a San Martín como Director Supremo, pero éste renunció al honor y entonces fue electo para el cargo el general Bernardo O´Higgins.
En los primeros días de 1818, un ejército realista desembarcado del Perú, avanzaba sobre la capital de Chile. El 19 de marzo, en un ataque nocturno, los realistas derrotan a los patriotas en la batalla de Cancharrayada y O´Higgins resulto herido.
El ejército Unido argentino chileno se rehace y el 5 de abril derrotan completamente a los realistas en la batalla de Maipú, que puso fin a los esfuerzos españoles para dominar el país.
El camino hacia Lima por mar estaba abierto, pero era necesario crear una flota que no existía. Con algunos barcos capturados al enemigo y otros comprados a los Estados Unidos e Inglaterra se crea la marina chilena que estuvo al mando de Blanco Encalada y luego del almirante inglés Lord Cochrane.
El 20 de agosto de 1820, parte el ejército expedicionario argentino chileno del puerto de Valparaíso hacia el Perú.
En el mes de julio de 1821, San Martín entra triunfante a Lima, proclama la independencia, es designado Protector del Perú y ejerce el gobierno.
Bolívar entró en la ciudad de Guayaquil el 11 de Julio de 1822. La victoria de Pichincha, lograda por sus huestes, le abría las puertas de la ciudad; el Cabildo y la Asamblea, por libertador le reconocen y proclaman. Pocos días después, el 25 de Julio, arriba San Martín al puerto de Guayaquil en la fragata Macedonia. No sólo su aportación a la causa de la independencia americana ha sido portentosa, sino que sus contingentes de soldados han engrosado, con frecuencia, las fuerzas de Bolívar, y algunos jefes ilustres que operan en Venezuela y Colombia (así el Coronel Lavalle, el General Santa Cruz y otros) proceden de las filas de San Martín. Mas la política, los partidismos e intrigas envenenan el ambiente, y el país fluctúa entre sanmartinistas y bolivaristas.
Al embarcar en Valparaíso para libertar al Perú, proclamaba: “El General San Martín jamás derramará la sangre de sus compatriotas y sólo desenvainará la espada contra los enemigos de la independencia Sudamericana.”
El 26 de julio de 1822 San Martín se entrevista con Simón Bolívar en la ciudad de Guayaquil, hoy Ecuador. Se reúnen los dos libertadores de Sudamérica, del norte y del sur. Conferencian en secreto por más de cuatro horas. ¿Qué ocurrió en ella? Todos los historiadores de América han tratado largamente de este hecho; he aquí cómo se refiere a él Sarmiento, que se lo oyó contar al propio caudillo argentino:
“San Martín creyó haber encontrado la solución de sus dificultades - dice - y como si contestase al pensamiento íntimo del Libertador, le dijo “Pues bien, General; yo combatiré bajo vuestras órdenes. No hay rivales para mí cuando se trata de la independencia americana. Estad seguro, General, venid al Perú; contad con mi sincera cooperación; seré vuestro segundo.”
“Mas Bolívar – añade un comentarista – pareció vacilar un momento, y, en seguida, como si su pensamiento hubiera sido traicionado, se encerró en el círculo de imposibilidades constitucionales que levantaba en tomo de su persona, y se excusó de no poder aceptar tan generoso ofrecimiento.
San Martín regresa a Lima la noche del 26.
El 20 de setiembre de ese año se reúne en Lima el primer Congreso del Perú y el Protector renuncia a su cargo. El mismo día se embarca para Chile y meses más tarde cruza a Mendoza, donde reside unos meses y donde recibe las más tristes noticias de toda su existencia. Su amigo O'Higgins ha sido arrojado de Chile; Bolívar se ha constituido Dictador: en el Perú, desgarrado por la guerra civil; en Buenos Aires se le llama cobarde, y su joven esposa, doña Remedios de Escalada de San Martín, acaba de morir (Agosto de 1823). Sin vacilar ni un día, San Martín va a buscar a su hija y con ella embarca rumbo a Europa.
No puede volver a España; pasa a Bélgica y luego a Francia. Su salud es precaria; su situación económica, todavía más. Todavía, sin embargo, encuentra en su soledad un verdadero amigo: don Alejandro Aguado, marqués de las Marismas (1785-1842), militar, industrial y banquero, que en su primera juventud fue compañero de San Martín en las campañas contra las tropas de Napoleón. Aguado se muestra generoso con su amigo y le regala una quinta en la aldea de Grand-Bourg, a orillas del Sena. Se ocupa de la educación de su hija y escribe para ella las Máximas que son un resumen de su filosofía de vida.
Reside en Europa hasta su muerte el 17 de agosto de 1850 en la ciudad de Boulogne Sur Mer.