Delante de él, aproximadamente 8 metros delante de la Plaza Sagrada, en el extremo norte, está el
Templo de la tres Ventanas. También hay una gran piedra parcialmente tallada que debe de haber sido su pilar central; hoy algunos guías la describen como un altar de sacrificios.
Está formado por sólo tres paredes y un techo de adobe. Sus piedras son poligonales. Comparativamente debe de haber sido menos importante que el Templo Principal. Las evidencias indicarían que este templo originalmente tuvo cinco ventanas, pues pareciera que las dos ventanas inexistentes hoy día, habrían sido incorporadas al muro una vez el Templo estuvo construido. En la parte central de lo que sería la pared delantera hay un solo pilar de piedra que sirvió para apoyar el techo, mientras que del lado occidental hay una piedra tallada con figuras que representan los tres niveles del Mundo andino: el Hanan-Pacha (el cielo o la espiritualidad), el Kay-Pacha (superficie de la tierra o lo mundano) y el Ukju-Pacha (subsuelo o la vida interior). La existencia de este Templo hizo creer a Bingham que había encontrado el Tamputoco, mítico lugar que las historias indican como el originario de la civilización Inca, pero esta hipótesis no es más que parte de la leyenda. El Templo Principal tiene un cuarto con dos vanos delimitados por paredes tipo
pirka, que hoy se llama la Casa del Sacerdote.
Se ubica al lado oriente de la Plaza Principal. Tiene planta rectangular. El nombre proviene de la típicas ventanas trapezoidales.
EL Templo de las Tres Ventanas, volviendo a la hipótesis de Bingham sería, en todo caso, una representación simbólica del Tamputoco o Cerro con Tres Ventanas, de donde, según el mito de Los Hermanos Ayar, salieron los Incas el día de la creación.