Puesto que los Estados Unidos iban a ser los suministradores de la mayor parte de los hombres que tomarían parte en el previsto desembarco, y puesto que la mayor parte del material militar con el que estarían equipadas las tropas iba a ser estadounidense, se decidió que fuese también un estadounidense quien estuviese al mando de la operación y de sus preparativos. Roosevelt no deseaba desprenderse de su consejero militar, el general George Catlett Marshall, con lo que finalmente optó por encargar la planificación y ejecución de la operación a un hombre que ya había probado sus dotes de planificación y de mando en las campañas en el norte de África y en Italia. Otra alternativa hubiese sido el general George Patton, pero la mala imagen que arrastraba desde algunos incidentes en Sicilia y los enfrentamientos que había sostenido con el general británico Bernard Montgomery hicieron que se le relegase, aunque se le encargó poner a punto un ejército fantasma simulado con el que se iba a encubrir la operación real, amenazando a los alemanes con una posible invasión en la zona de Calais, la Operación Fortitude, tarea en la que Patton obtuvo un éxito total.
Eisenhower se encargó pues de planificar las operaciones militares del Desembarco de Normandía, el 6 de junio de 1944, así como de efectuar todos los contactos políticos necesarios en función de la gran complejidad de la operación y del gran número de países Aliados que participaron en la operación: Francia Libre, Bélgica, Luxemburgo, Holanda, Checoslovaquia, Polonia o Grecia tuvieron participación, además de Estados Unidos y el Reino Unido, sin olvidar a dominios británicos como Canadá, Sudáfrica, Nueva Zelanda o Australia, además de la India. Basta la mera enumeración de países cuyas unidades militares tomaron parte en el desembarco y las operaciones subsiguientes para comprender la enormidad de la tarea.
El general Eisenhower, en una imagen vestido de uniforme
El general Eisenhower y su equipo de ayudantes eligieron la costa de Normandía para el desembarco, prefiriéndola a otras posibles alternativas. Especialmente interesante era el hecho de que las playas en las que se realizaría el desembarco quedaban dentro del radio de acción de los aviones con base en la isla de Gran Bretaña, sin olvidar que en el canal de la Mancha era muy fácil lograr una absoluta supremacía aérea y naval para los Aliados.
La planificación de la operación, la mayor operación de desembarco de tropas llevada a cabo hasta hoy en día, supuso un esfuerzo considerable, para el que se tuvieron en cuenta innumerables factores: desde los climatológicos, con análisis de las condiciones climatológicas previstas en la zona de desembarco en la fecha del mismo y en los días posteriores, hasta la forma de abastecer a las tropas una vez desembarcadas, para lo que se llegó a diseñar puertos artificiales (puertos Mulberry) o incluso un oleoducto que trasladaría el carburante necesario a través del canal, PLUTO, pasando por el diseño y construcción, por parte de los británicos, de carros de combate especializados pensados especialmente para apoyar y facilitar el desembarco.
Sin embargo, pese a las dotes diplomáticas de Eisenhower, se plantearon graves problemas respecto de la Francia Libre de Charles de Gaulle, ya que los franceses entendían que se les dejaba al margen de la toma de decisiones.[8] Presionado por Winston Churchill, Eisenhower se negó a otorgar mayor protagonismo a los franceses libres hasta que se hubiesen celebrado elecciones en Francia.[8] Estos hechos comportaron consecuencias cara a la situación posterior en la campaña de Francia, especialmente en agosto de 1944, al tratarse la posible Liberación de París.
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