Las primeras huellas de la masonería en Cuba datan de 1763, aunque algunos investigadores aventuran la posibilidad de que existiera desde mucho antes, tomando en cuenta ciertas marcas e inscripciones de evidente simbolismo masónico, grabadas en las piedras de cantería de la muralla que rodeo La Habana, cuya construcción se inicio en el siglo XVI.

El primer documento oficial que atestigua el trabajo de esa fraternidad en la isla, es un certificado del grado de Maestro extendido a nombre de Alexander Cockburn, con fecha del 3 de mayo de 1763 durante la ocupación militar de la Habana por los Ingleses. Fue la Logia Militar Inglesa numero 218 del Registro de Irlanda, adscrita al Regimiento 48 del ejercito ingles de ocupación, el primer cuerpo masónico que realizo sus funciones en Cuba.

Después que los ingleses abandonan la isla, desaparece todo rastro de actividades masonicas y no es hasta 1791, con la Revolución de Haití, que los colonos franceses que huyen de la convulsa situación en su país, se asientan en La Habana y Santiago de Cuba y traen consigo cuatro de sus logias (Perseverance, Concorde, Amitie y Benefique).

Estas logias, son trasladadas al poco tiempo a la Louisiana, y solo permanecen en la capital dos que, aunque desaparecen mas tarde, dejan su impronta hasta hoy en La Habana, al legar su nombre, traducido al espanol, a las calles donde radicaron: Amistad y Concordia.

La primera logia fundada en Cuba, fue El Templo de las Virtudes Teologales, recibiendo en 1804 la patente de reconocimiento extendida por la Gran Logia de la Louisiana.

Tres lustros después, el 30 de noviembre de 1820, queda establecida la Gran Logia Española de Antiguos, Libres y Aceptados Masones de York, el primer cuerpo superior de la masonería cubana, que en octubre de 1822, se funde con el Gran Oriente Territorial Español Americano, otra alta institución creada a principios de ese mismo año, para consolidar la presencia y organización de la masonería.

Tras un periodo de estancamiento (1828-1859), en el que solo trabajaron unas pocas logias en la clandestinidad, debido a la ley que prohibía las reuniones masónicas en todo el territorio español y extensiva a Cuba como colonia, la fraternidad resurgió, primero en Santiago de Cuba con la Gran Logia de Colon, y más tarde en La Habana con una Gran Logia Provincial dependiente de aquella.

De esta época, data la fundación (1861) de la decana de las logias cubanas, la Logia Amor Fraternal, que aun hoy realiza sus talleres semanales en el Templo Nacional Masónico, ubicado en Avenida Salvador Allende esquina a Belascoain, Ciudad de La Habana.

Finalmente, terminados los forcejeos entre los afiliados del oriente y occidente del país, por llevar a su territorio la máxima representación de la fraternidad, queda establecida en 1876 en La Habana la Gran Logia de la Isla de Cuba, a la que se suma en 1880 la Gran Logia de Colon, para llevar adelante en un mismo cuerpo la enseñanza y la predica moral de la masonería.

Conocido es el hecho, de que la mayoría de los gestores y los más sobresalientes caudillos de la independencia cubana en el siglo XIX, fueron masones. Así, antes de lanzarse a sus afanes emancipadores, fue un reconocido masón, el Padre de la Patria Carlos Manuel de Céspedes, quien presidía en los días del alzamiento de 1868 la Logia Buena Fe, de Manzanillo.

También perteneció a la fraternidad, Perucho Figueredo, el autor del Himno Nacional cubano; El Mayor General Ignacio Agramonte y Loynaz; El Lugarteniente General Antonio Maceo y Grajales y el Generalísimo Máximo Gómez, protagonistas ambos de las dos contiendas, así como el Héroe Nacional José Martí, el alma de la campaña de 1895, que daría al traste con la dominación española de la isla.