Contribuyó a dirigir la campaña militar de Asturias de octubre de 1934, en donde los mineros se habían insurreccionado contra el gobierno republicano de derechas. La revolución social fue ahogada en sangre por Franco que hizo traer de África a la Legión y a los Regulares. Junto a cerca de 3 mil heridos, en Asturias se produjeron 1335 muertes de las que 1051 correspondieron a los revolucionarios. Si éstos también realizaron excesos y mataron a 70 personas, no es menos cierto que las "autoridades" comenzaron a llevar a cabo fusilamientos ilegales, pasaron luego por las armas a más de 200 obreros, practicaron la tortura de manera sistemática y autorizaron saqueos de la peor especie en poblaciones enteras.

El 18 de julio de 1936 el sector del ejército más reaccionario se alzó contra el gobierno legal de la II República española. Franco se hizo cargo de las tropas africanistas, invadió la península y rápidamente asumió la dirección de la guerra. En septiembre fue nombrado generalísimo de todas las fuerzas militares y jefe del gobierno por los militares rebeldes y los sectores ideológicos de derechas y fascistas. En 1937 adoptó el título de Caudillo, como jefe del partido único, FET y de las JONS, fascista. Un año después se convirtió en -a la vez- jefe del estado y del gobierno, conservando el mando superior del ejército.

La represión llevada a cabo por los nacionalistas sobre la población civil fue extraordinaria. Las personas afiliadas a partidos políticos o sindicatos del Frente Popular , aquellos de los que se sospechaba que eran simpatizantes de los mismos, etc., tenían sobre sus cabezas una condena de muerte general que, en millares de casos, se ejecutó sin ningún tipo de actuación judicial al menos hasta medidados de 1937. En buen número de casos, los cadáveres de los asesinados quedaban expuestos durante días a la vista de todos con la finalidad de sembrar el terror. Si bien los revolucionarios también cometieron excesos, los cometidos en la zona nacional derivaban de instrucciones precisas del mando rebelde, de la "autoridad".

Fusilamientos, hambre, frío, terribles bombardeos sobre Guernica, Madrid, Barcelona...
La guerra civil española -pero en donde participaron y se entrenaron las potencias totalitarias europeas-, impulsada entre otros por Franco, supuso en víctimas:

• 100 mil muertos en combate.
• 80 mil muertes ocasionadas por la represión franquista durante la guerra e inmediata postguerra.
• 10 mil muertos en bombardeos.
• 50 mil muertos de enfermedad y desnutrición.
• 38 mil asesinatos a manos de la represión republicana.

Los vencidos fueron sometidos a vejaciones: el corte de pelo a mujeres y niñas, las violaciones, el despojo de los medios de vida, la imposibilidad de estudiar, los linchamientos, la obligación de cantar himnos fascistas y de saludar a la romana, el hacinamiento en las cárceles, las torturas, la posibilidad de morir ante un pelotón por haber combatido por la República (unas 130 mil personas entre 1936 y 1952), los juicios sumarísimos y colectivos, la exclusión de la vida normal, la represión cultural y lingüística en Catalunya, el País Vasco y Galicia. 

Terminada la guerra en 1939, Franco creó un estado ultranacionalista, católico integrista, autoritario y corporativo. Se trata de la dictadura franquista.

Durante la II Guerra Mundial, miles de españoles republicanos exiliados fueron detenidos por los alemanes y deportados a campos de trabajo (Mauthausen...) 11800 de éllos murieron allí. Franco sabía de su existencia pero se desentendió de los deportados porque, según declaró su ministro Serrano Suñer, "no había españoles fuera de España".

Franco implantó un régimen personalista y militarista, y firmó sentencias de muerte hasta pocos años antes de su muerte.