En 1897, José María Arzak Etxabe y Escolástica Lete abrieron Arzak como una bodega de vinos con taberna, en una casona en el alto de Miracruz, entonces perteneciente al pueblo de Alza y hoy integrado en San Sebastián.
Les tomaron el relevo los padres de Juan Mari Arzak, Juan Ramón Arzak y Francisca Arratíbel, y lo convirtieron en un afamado lugar de banquetes.
Al fallecer el padre, fue la madre del cocinero quien se quedó al frente del negocio familiar. Entonces, Juan Mari Arzak, hijo único, tenía nueve años.
Quien más tarde fue uno de los artífices del movimiento de la Nueva Cocina Vasca se marchó con 10 años a estudiar a El Escorial (Madrid) y, con 19 años, entró en la escuela de hostelería de la Casa de Campo en Madrid.
Juan Mari Arzak heredó el restaurante de su madre, del que en la actualidad es copropietario (con una participación del 50% cada uno), junto con Maite Espina, madre de sus dos hijas, Marta y Elena.
En 1974, con 32 años, el chef recibió el Premio Nacional de Gastronomía.
Elena Arzak trabaja con su padre en el restaurante Arzak, en donde llevan a medias la cocina.