Napoleón fue encarcelado y desterrado por los británicos a la isla de Santa Helena en el Atlántico, el 15 de julio de 1815. Allí, con un pequeño grupo de seguidores, dictó sus memorias y criticó a sus aprehensores.

Enfermo del estómago durante mucho tiempo, aquejado de una continua pesadez y un dolor en el costado derecho, los médicos creían que era una afección hepática, pero él sospechó inmediatamente que estaba atacado de la misma dolencia de su padre, un cirro en el píloro o cáncer de estómago,^[8] pero no se lo dijo a nadie hasta que estuvo lo suficientemente seguro de que así estaba sucediendo.

Sin embargo, recientes investigaciones realizadas a muestras de cabello del general (cortado poco tiempo después de morir) que habían estado guardadas en un sobre vacío, revelan que estaban impregnadas con arsénico hasta tal punto, que se necesitaban dosis altamente peligrosas para lograr aquella concentración. Esto último sugiere que es altamente probable que pudo morir a causa del veneno (lo que también concordaría con sus síntomas), ya sea de forma intencionada o no.

Napoleón Bonaparte murió el 5 de mayo de 1821. Sus últimas palabras fueron: «France, l'armée, Joséphine» («Francia, el ejército, Josefina») o, según la versión de las memorias de Santa Helena «...tête...armée...Mon Dieu !». Tenía entonces cincuenta y un años.

Napoleón había dispuesto en su testamento el deseo de ser enterrado a las orillas del Sena, pero se le dio sepultura en Santa Helena. En 1840, a instancias del gobierno de Luis Felipe I, sus restos fueron repatriados. Trasladados en la fragata Belle-Poule, se depositaron en Les Invalides (París), la llegada de los restos de Napoleón fue muy esperada en Francia. Durante su funeral sonó el Réquiem de Mozart.

Cientos de millones de personas han visitado su tumba desde esa fecha.