El crucero se cubre con una amplia cúpula hemisférica sobre pechinas, que están decoradas con tondos pintados. La cúpula se cierra con tambor y linterna. En los laterales del crucero encontramos dos retablos barrocos, el situado en la nave del Evangelio o derecha se dedica a la Virgen de los Dolores, y en la nave de la Epístola o izquierda, el retablo del Sagrario, con talla de San José.

El presbiterio de la iglesia precisaba de una reforma para su nueva función catedralicia, colocando en él el coro para canónigos que se extiende desde el altar mayor hasta el crucero. Existe una capilla contigua con templete ejecutado en madera dorada, con decoración de rocallas del siglo XVIII. Tras el altar mayor encontramos el camarín dedicado a la Virgen de la Cinta, que llega al templo desde el Santuario de la Cinta en su festividad cada 8 de septiembre.