Ocupa un tramo de la nave central del templo, decorándose con muros de cantería, excepto en su frente, donde lo hace con una excepcional reja renacentista, obra de Fray Francisco de Salamanca, realizada entre 1518 y 1523; esta rematada con una cresteria cuyo motivo central representa el árbol de gets‚.

En el interior del coro se dispone la sillería compuesta de dos cuerpos, en los que se disponen 117 sitiales tallados en madera; están realizados en estilo gótico mudejar y representan esculturas de santos y relieves con escenas del Antiguo y del Nuevo Testamento.

De gran interés es el conjunto decorativo situado en las "misericordias" donde aparecen un amplio repertorio alegórico de los vicios, personificados en figuras monstruosas. En la silla destinada al Rey, decorada con escudos de Castilla y León, aparece la firma del escultor Nufro Sánchez y la fecha de 1478, quedando así documentada la labor de talla. Sin embargo, a partir de 1479 el escultor Pyeter Dancart continuo trabajando en el proceso decorativo de la sillería, que no fue concluida definitivamente hasta el siglo XVI.

El gran facistol que se encuentra en el centro del coro es obra renacentista y esta realizado en madera y bronce. En su ejecución participaron los escultores Juan Marin, Francisco Hernandez y Juan Bautista Vázquez, quienes lo realizaron entre 1562 y 1565; los relieves en bronce fueron fundidos por Bartolomé Morel. La Virgen con el Niño que figura en el templete que corona el fascitol es obra de excepcional calidad, en la que se aprecia claramente el estilo de Juan Bautista Vázquez, quien realizo también el Cristo Crucificado y los Evangelistas que coronan todo el conjunto.

A ambos lados de la silla arzobispal se encuentran dos pinturas que representan a Cristo varón de dolores y La Virgen con el Niño, siendo esta ultima copia de un original de Guido Reni. Estas pinturas de discreta calidad fueron realizadas en 1613 por Diego Vidal, racionero de la Catedral.

Los dos grandes órganos que se levantan a la derecha e izquierda del coro fueron realizados en 1724, siendo las cajas de madera obra de Luis de Vilches y las esculturas de Pedro Duque Cornejo. Son obras aparatosas y espectaculares, coincidiendo sus estructuras con el espíritu desbordante del barroco.