Ocupada Berlín por los rusos, Himmler era el primero en la lista de los nazis prófugos más requeridos, fue intensamente buscado por los aliados para rendir cuentas ante la Justicia. Himmler se trasladó a principios de mayo con una pequeña comitiva de leales, su secretario Rudolf Brandt, Karl Gebhardt, Wemer Crothmann y Heinz Macher a Flensburg
ALMIRANTE KARL DÖNITZ
Se entrevistó con el Gran Almirante Karl Dönitz, sucesor testamentario de Hitler, quien le negó algún papel en la Alemania de transición, rechazando de plano su propuesta como el segundo hombre del gobierno. En aquel momento, Himmler vio perdida su causa y decidió desaparecer del escenario. La inteligencia danesa informó a los aliados que Himmler estaba en Flensburg.
Himmler cambió su apariencia afeitándose su característico bigote, se rasuró la cabeza, se puso un parche negro en un ojo e intentó hacerse pasar por un gendarme de la policía militar dirigiéndose a Baviera. Logró atravesar Alemania junto a sus hombres en un vehículo hasta Bremervörde.
Sin embargo, fueron capturados por una unidad británica en Brandeburgo, cerca del puerto de Bremen y Himmler se hizo pasar por Heinrich Hitzinger, un sargento de la Geheime Feldopolizei ejecutado tiempo atrás por derrotismo. Los miembros de la Feldpolizei eran muy buscados en ese momento, e identificarse como un miembro de esta organización fue un error por parte de Himmler. Fue llevado a un cuartel de interrogación cerca de Lünenburgo, pero hasta ese momento Himmler no había sido reconocido como tal.