Il 13 maggio 1981 subì un attentato quasi mortale da parte di Mehmet Ali Ağca, un killer professionista turco, che gli sparò due colpi di pistola in piazza San Pietro, pochi minuti dopo che egli era entrato nella piazza per l'udienza generale del mercoledì, colpendolo all'addome. Wojtyła fu presto soccorso e sopravvisse. Dopo l'attentato fu sottoposto ad un intervento di 5 ore e 30 minuti^[7].

Due giorni dopo il Natale del 1983, volle incontrare il suo attentatore detenuto in carcere, per offrirgli il suo perdono. I due parlarono da soli per lungo tempo e la loro conversazione è rimasta ancora oggi privata. Il Papa disse poi dell'incontro: "Ho parlato con lui come si parla con un fratello, al quale ho perdonato e che gode della mia fiducia. Quello che ci siamo detti è un segreto tra me e lui". L'attentatore venne in seguito condannato all'ergastolo dalla giustizia italiana per attentato a Capo di Stato estero. Nel 2000 il presidente della Repubblica Carlo Azeglio Ciampi gli concesse la grazia^[8].