Esordisce precocissimo nel 1922, all'età di 2 anni, in spettacoli di vaudeville insieme al padre, un immigrato scozzese. Il suo debutto sul grande schermo risale al 1926 nel film Not to Be Trusted, cui segue una lunga serie di cortometraggi che ne fanno un bambino-prodigio. Tra il 1927 e il 1936 seguita ad interpretare ruoli da protagonista in film di buon successo, sempre nel ruolo di Mickey McGuire. Dalla seconda metà degli anni trenta e fino al 1958 interpreterà più volte il personaggio di Andy Hardy, un giovane ragazzo ribelle, in alcuni dei quali recita a fianco dell'attrice Judy Garland, alla quale fu legato da fraterna amicizia. Grazie al suo eclettico talento e al suo dinamismo di interprete, ottiene grande successo sul grande schermo anche in ruoli meno leggeri, come nei celebri drammi Capitani coraggiosi (1937) e La città dei ragazzi (1938),  mentre nel 1939 viene nominato per l'Oscar grazie al film Ragazzi attori (1939). Nel 1943 fa da padrino a un'attrice che diventerà leggendaria, Elizabeth Taylor, in Gran Premio. Durante la seconda guerra mondiale è attivo alla radio, con spettacoli di intrattenimento destinati a tenere alto il morale delle truppe. All'inizio degli anni sessanta, in un'epoca in cui Hollywood tende a non utilizzare attori orientali, interpreta lo scorbutico signor Yunioshi in Colazione da Tiffany (1961). Da allora in poi intensifica l'attività teatrale, a discapito del cinema. Uniche eccezioni, il dramma pugilistico Una faccia piena di pugni (1962) e l'avventuroso Black Stallion (1979). Sempre negli anni settanta svolge attività di doppiatore, dando la voce a Babbo Natale in tre distinti special natalizi televisivi. Negli anni ottanta Rooney compare come guest-star in diverse serie televisive. A cavallo degli ultimi anni del millennio è attivissimo sia al cinema, che in televisione e in teatro: recita con Ann Miller a Broadway; nel 1974 appare in C'era una volta Hollywood, mentre nel 1995 doppia se stesso, in una comparsa da guest star, nell'episodio L'Uomo Radioattivo del cartone animato I Simpson. Dopo un intervento al cuore nel 2000, lavora nel film disneyano Il fantasma del megaplex. Nel 2003 recita in Paradise e nel 2005 appare in ben tre film, tra cui Strike the Tent. Nel 2006 interpreta il perfido guardiano notturno nel delizioso film fantastico Una notte al museo, mentre nel 2007 è in Bamboo Shark. Mickey Rooney ha alle spalle 89 anni di carriera nel mondo dello spettacolo: con gli ultimi film ha superato il record di permanenza sul grande schermo detenuto fino a poco tempo fa da Lillian Gish. Dall'anno 2007 risulta essere l'unico attore vivente (e ancora in attività) ad essere apparso in film muti.