Il tipo di alterazione dei sistemi idrici può essere di natura chimica, fisica o microbiologica e le conseguenze possono compromettere la salute della flora e della fauna coinvolta, fino agli uomini, nuocendo al sistema  ecologico e alle riserve idriche per uso alimentare. Ci sono due vie principali tramite le quali gli inquinanti raggiungono l'acqua, per via diretta e per via indiretta. L'inquinamento per via diretta avviene quando vengono riversate direttamente, nei corsi d'acqua, sostanze inquinanti senza alcun trattamento di depurazione. La via indiretta, invece, avviene quando le sostanze inquinanti arrivano nei corsi d'acqua tramite aria e suolo (esempio per dilavamento del terreno in cui sono contenute sostanze nocive).

LE CAUSE DELL'INQUINAMENTO:

1. Inquinamento industriale: quotidianamente vengono scaricate sostanze inquinanti in quantità elevate da parte delle industrie, provocando danni all'intero ecosistema acquatico. Si evidenziano tra le maggiori responsabili dell'inquinamento idrico le industrie chimiche, esse producono: acido nitrico, soda, acido fosforico, ammoniaca, acido solforico, acido cloridrico ecc. Inoltre, industrie quali cartiere, segherie e caseifici, liberano residui in grado di favorire l’accrescimento di muffe e batteri. Codeste sono industrie che, insieme, causano la morte dei molti organismi viventi che ricevono questi scarichi e le acque calde utilizzate per i cicli produttivi.
2. Inquinamento urbano: fa riferimento alle acque che derivano dagli scarichi di abitazioni, uffici e altre strutture che se non vengono sottoposte a trattamenti di depurazione andranno ad incidere nell'inquinamento idrico. è stato principalmente l’aumento della popolazione a rendere il problema dei rifiuti e degli scarichi di fogna un problema alquanto enorme, in quanto sovente vengono inseriti nelle acque per via diretta, senza alcun trattamento di depurazione. Fu la storica Rivoluzione Industriale a determinare l’inizio di un processo di dimensioni mirabili e che non trova un termine: l’urbanizzazione, forse la causa principale dell’aumento eccessivo di ogni tipo di inquinamento. Tutt’oggi, infatti, nelle grandi Megalopoli formatisi in seguito a questo processo, non esiste ancora un adeguato sistema di smaltimento dei rifiuti e si genera, così, un ammasso di rifiuti vari (metalli, plastiche, carte e sostanze organiche) non smaltibili e contaminatori delle falde acquifere.
3. Inquinamento agricolo: deriva dall'utilizzo di fertilizzanti e pesticidi in quantità notevoli, e inoltre dallo spandimento di liquami provenienti dagli allevamenti. Queste sostanze possono arrivare alle falde acquifere sotterranee e ai fiumi per dilavamento dei terreni.
4. Inquinamento naturale: è una fonte di inquinamento quasi irrilevante. Provocata da eventi atmosferici e stagionali, alluvioni e frane.
5. Inquinamento da idrocarburi:è causato soprattutto dal petrolio che fuoriesce dalle petroliere, danneggiate o naufragate, o che è presente negli scarichi delle acque usate per lavare le cisterne petrolifere.
6. Inquinamento termico:è un tipo di inquinamento che va diffondendosi sempre più. Ne è causa l’eccessivo impiego dell’acqua per raffreddare gli impianti delle industrie, in particolar modo nelle centrali termoelettriche. Quindi, vengono rilasciate nell’ambiente enormi quantità di acqua a temperatura differente da quella in cui viene immessa e ciò provoca alterazioni delle condizioni fisiche dell’acqua con moria degli organismi viventi presenti, giungendo così al fenomeno dell’eutrofizzazione.