Aunque el origen musical de las primitivas saetas es incierto, se les atribuye una raíz árabe relacionado con las llamadas a la oración de los almuédanos de las mezquitas andalusíes complementada por cantos judíos (salmodias sefardíes) y estructuradas por los cantos procesionales cristianos de los misioneros franciscanos en los siglos XVI y XVII, quienes llamaban saetas a "los avisos y sentencias que en forma de coplillas recitaban o cantaban por las calles en determinados momentos de sus misiones". Esta visión del parentesco entre la saeta y determinados cantes religiosos orientales ha sido recalcada por la etnografía comparada. A principios del siglo XX, la saeta tradicional se transforma hacia la llamada saeta flamenca, un canto a solo muy elaborado y de extrema dificultad interpretativa. La edad de oro de la saeta se produce en el primer tercio del siglo XX, tras el cual vino una crisis que no terminó hasta la llegada de Caracol y Antonio Mairena. Durante la década de los ochenta se entró en otra etapa de desconcierto, de la que Mairena comentaba: "Se están perdiendo, se están perdiendo... Ahora todo el mundo las canta igual".

Este canto, en su origen, fue un rezo en voz alta dirigido a la Virgen María o a Jesús, pidiendo ayuda o alguna gracia. Las saetas flamencas, las más populares actualmente, tienen su origen en el folclore andaluz.