Cuando el emperador Constantino adoptó el cristianismo como religión oficial del Imperio Romano, en el año 313, aparecieron formas de depurar a sus miembros, apareciendo la excomunión como práctica común, o sea, expulsar del seno de la iglesia  a aquellos considerados indignos por contradecir los postulados cristianos.

Con el término inquisición, derivado del latín, inquire (averiguar o sacar a la luz) se designó a distintas instituciones nacidas con el fin de luchar contra la herejía, o sea, aquellas creencias que se contraponen con lo enseñado por la iglesia católica. Se trata de persecución contra cristianos que se oponen a lo dispuesto por la Santa Iglesia. Cuando se persiguió por herejía a judíos o musulmanes conversos, fue no por su condición de judíos o musulmanes, sino por ser cristianos que traicionaban su nueva fe.

En la época medieval, la iglesia adquirió un enorme poder que sobrepasaba el ámbito de lo espiritual para tomar ingerencia en asuntos temporales o terrenos, siendo dueña de amplias territorios que entregaba en vasallaje, y decidiendo en temas económicos, sociales, y hasta políticos. Para asegurar ese inmenso control sobre su séquito, instrumentó una serie de medidas.

En la Edad Media, surgió la raíz de esta serie de programas ortodoxos, para combatir a quienes desconocieran la única verdad, rebelada en las Sagradas Escrituras, en el sur  de Francia, en el año 1184, por una bula papal correspondiente a Lucio III, llamada “Ad abolendam” dirigiéndose contra los cátaros, secta religiosa cristiana, que bregaba por la pureza de costumbres y criticaba las de la Iglesia, y la jerarquía eclesiástica, teniendo como su libro supremo el Evangelio de San Juan. Consideraban una visión dual del mundo, con la existencia contrapuesta del bien y el mal. Lo material representaba el mal y la salvación vendría de la mano de Cristo.

Por dicha bula, se instauró la Inquisición episcopal, donde, en cada diócesis, los obispos se hallaban conminados a terminar con la herejía, juzgando y condenando a los culpables, estando el castigo físico de los reos a cargo de laicos, pero generalmente consistente en penas menores, como rezos o ayunos.
En el año 1215, el Papa Inocencio III, convocó el Concilio IV de Letrán que esbozó la Inquisición pontificia.

En el año 1229, se creó el tribunal de la Inquisición, decidido por el concilio de Toulouse.

En el año 1231, la Inquisición episcopal fue reemplazada definitivamente por la pontificia, por la bula “Excommunicamus”, del Papa Gregorio IX, por la cual encargaba el control de los herejes a la orden de los Dominicos, siendo el primer inquisidor Domingo de Guzmán, pero bajo la supervisión papal, estableciéndose en el sur de Francia, en el norte de Italia y en el reino de Aragón.

Aquellos que confesaran ser herejes espontáneamente recibían una pena menor, de lo contrario se habría un proceso, donde eran obligados a responder por los cargos imputados (no regía el principio adoptado por las modernas constituciones: “Nadie puede ser obligado a declarar contra sí mismo”). Dos testigos eran suficientes para avalar una sentencia condenatoria, que en general era la muerte en la hoguera.

El proceso era dirigido por dos Inquisidores, asesorados por un Consejo de clérigos y laicos.

El uso de tortura en los procesos de herejía fue autorizada por la bula “Ad extirpanda” del Papa Inocencio IV, pero sin poner en peligro la vida de los acusados. Los reincidentes eran condenados a muerte.

En 1484, Inocencio VIII condenó oficialmente la brujería por medio de la bula “Summis desideratis affectibus”.
Encontramos a partir de este antecedente otras manifestaciones con el mismo o semejante propósito, de establecer una única fe verdadera:

En el año 1542, fue establecido en Roma el Santo Oficio o Congregación de la Inquisición, para detener el avance del protestantismo, sobre todo mediante el control del contenido de publicaciones o libros.

El período de mayor represión comenzó en 1555, cuando asumió el Papa Pablo IV, donde la persecución se orientó incluso hasta los propios miembros de la Iglesia. El “Índice de Libros Prohibidos” dado a conocer en el año 1559, muestra la censura ideológica ejercida desde la órbita papal.

La pretensión de la Iglesia de establecer postulados incuestionables significó el estancamiento de la ciencia y por eso este período es conocido como oscurantismo.

En 1633, en Italia, las teorías de Galileo cayeron bajo la acusación del Santo Oficio, cuestionándose su teoría heliocéntrica, que contradecía la interpretación bíblica de que la Tierra sería el centro del Universo.

En el año 1965, el Santo Oficio fue llamado Congregación para la Doctrina de la Fe, por el papa Paulo VI, ante las numerosas críticas en su contra.

En el año 1478 la corona española creo la Inquisición Española, aplicándose en toda España y en sus colonias americanas, para luchar contra los judíos conversos, que habían sido obligados a adoptar la fe católica, transformándose en cristianos nuevos, pero eran sospechados de practicar su religión en secreto, contra los protestantes y contra otros herejes.

A partir de la bula del papa Inocencio VIII, a quien ya nos hemos referido, comienza la persecución por brujería. Por este cargo la última ejecución data del año 1611, siendo la víctima, la adolescente catalana, Magdalena Duer.

La máxima jerarquía del proceso la ejercía el Consejo de la Suprema, que daba instrucciones a los tribunales, formados por tres inquisidores que desarrollaban el proceso, donde el acusado contaba con un supuesto defensor que lo instruía en detalles procesales.

La primera etapa consistía en la limpieza del alma del hereje, que era obligado a beber líquidos hirvientes.

Las penas se aplicaban sin juicio previo, y los reos eran encerrados en mazmorras, encadenados y en condiciones deplorables de higiene y alimentación, siendo torturados hasta su confesión, para luego ser absueltos en una ínfima minoría de casos, o condenados a penas menores, o transferido a tribunales ordinarios para ejecutar su condena a muerte. Los gastos que ocasionaba el “procedimiento”, era abonado por el propio reo o sus parientes.

Hasta 1640 su actividad fue ínfima, teniendo un período de apogeo persecutorio a partir de ese año, que se extendió por dos décadas. Fue abolida en 1834.

En Portugal, los judíos que no adoptaron la fe cristiana fueron expulsados en 1497, pero para los conversos, ante la posibilidad de prácticas ocultas de su antigua fe, en el año 1536, se estableció la Inquisición en Portugal, bajo la autoridad papal, para pasar a depender directamente de la Corona, tres años más tarde, originando cuestionamientos entre iglesia y estado que se resolvieron en 1547, cuando el Papa aceptó la autoridad estatal en el tema. Fue abolida en 1821.