El caso Dreyfus, y el final
Desde 1897, Zola se implicó en el caso Dreyfus, militar francés de origen judío culpado falsamente por espía. El novelista interviene en el debate dada la campaña antisemita, y apoya la causa de los judíos franceses. Escribe varios artículos, donde figura la frase "la verdad está en camino y nadie la detendrá" (12-1897). Finalmente publicó en el diario L’Aurore su famoso Yo acuso (Carta al Presidente de la República), 1898, con trescientos mil ejemplares, lo que hizo que el proceso de revisión tuviera un brusco giro. Pues el verdadero traidor (el que espió) fue el comandante Walsin Esterházy, que fue denunciado en un Consejo de Guerra el 10 de enero de 1898, pero sin éxito.
Era la primera síntesis del proceso, y se leyó en todo el mundo. La reacción del gobierno fue inmediata. Un agitado proceso por difamación (con gran violencia, centenares de testigos, incoherencias y ocultaciones por parte de la acusación) le condenó a un año de cárcel y a una multa de 7.500 francos (con los gastos), que pagó su amigo y escritor Octave Mirbeau.
Zola se exilió en Londres, donde vive en secreto, y hay una agitación en la opinión pública. A su regreso, publicó en La Vérité en marche sus artículos sobre el caso. Sólo en junio de 1899, con la prosecución del proceso, puede regresar a su país. Pero Alfred Dreyfus es condenado, con atenuantes, y Zola le escribe nada más llegar. Zola adquiere una gran dimensión social y política, pero tiene grandes problemas económicos (la justicia le embarga bienes) y es puesto en la picota por medios muy influyentes. Nunca se arrepintió de apoyar a un inocente, y hoy merece la admiración de la mayoría.
Escribió el último ciclo de sus novelas, Les quatre évangiles, sin concluirlo, pues el 29 de septiembre de 1902, murió en su casa supuestamente asfixiad, más probablemente asesinado, por alguien que tapó la chimenea de una estufa (ya uno de los abogados de Dreyfus, Fernand Labori, padeció un intento de asesinato).
Estuvo seis años enterrado en el Cementerio de Montmartre, en París, pero sus cenizas fueron trasladadas al Panteón el 4 de junio de 1908, máximo honor a un escritor francés.
Se rehabilitó tardíamente a Alfred Dreyfus en 1906.