Nació en Wald, cerca a Mindelheim, en Swabia, el 25 de Julio de 1575. Ingresó a la sociedad de Jesús en 1595 y después estudió matemáticas en Ingoldstadt, convirtiéndose en profesor de la materia en Dillingen. En 1610 regresó a Ingoldstadt donde enseñó hebreo y matemática, además comenzó con sus primeros trabajos en investigación científica.

Para esta época inventó el "pantógrafo", dispositivo con el cual es posible dibujar un objeto a escala. También comenzó la construcción de telescopios y empezó a realizar observaciones solares. Al principio colocó lentes coloreadas, pero después comenzó a usar la técnica de proyección que, si bien había sido descrita por Kepler, fue Scheiner el primero en utilizarla.

En Marzo de 1611 descubrió las manchas solares, un fenómeno que contrariaba la idea de la perfección del sol y, por este motivo evitó su publicación. Comunicó su hallazgo a un amigo, quien lo publicó en 1612 bajo un pseudónimo. En trabajos posteriores describió la rotación de las manchas y la aparición de fáculas.

Galileo Galilei emprendió una disputa con Scheiner sobre quien había descubierto primero las manchas solares, lo que parece ser es que no fue ninguno de los dos, sino David Fabricius.

Scheiner continuó con el estudio del Sol otros 16 años antes de la publicación de su trabajo más importante, titulado "Rosa Ursina". Contiene el informe de numerosas observaciones y la descripción de múltiples equipos de observación. Uno de sus resultados más valiosos es la descripción del plano de rotación de las manchas solares.

Aclaró el fenómeno de la forma elíptica del Sol cerca al horizonte, debida a la refracción atmosférica. En 1616 el archiduque Maximiliano de Tyrol lo llevó a trabajar a Innsbruck, donde realizó estudios sobre el ojo publicando "Oculus", obra en que describe correctamente que es en la retina donde se percibe la luz.

Regaló un telescopio al archiduque, pero este en realidad estaba mas interesado en la observación terrestre que en las estrellas, y al observar todo invertido, Scheiner insertó otra lente para corregir la imagen, creando así el primer telescopio terrestre.

Construyó diferentes tipos de telescopios, en particular uno con 2 lentes convexas, lo que mejoró de manera significativa la calidad de las imágenes. Fue director de la universidad de Neisse en 1623 y, posteriormente, profesor de matemáticas en Roma. Realizó trabajos sobre los relojes de sol y su construcción.

Scheiner organizó debates públicos sobre astronomía en donde se discutían temas tales como el sistema geocéntrico vs. heliocéntrico. Murió el 18 de julio de 1650.