Nació en Arezzo, Italia, el 1 de marzo de 1918 y su nombre fue María Luisa. Su padre fue una figura muy popular y controvertida, a la vez, en el movimiento anarquista italiano, y él y su familia marcharon al exilio hacia Francia en 1926 por su oposición a Mussolini. Maria Luisa Berneri tomó la versión francesa de su nombre, Marie Louise, y estudió y se graduó en psicología en la Sorbona a mediados de la década de los 30. Rápidamente se involucra en el movimiento anarquista y realiza un fugaz periódico "Revision", con Luis Mercier Vega.

Con el estallido de la Guerra Civil española, su padre marcha a España, luchó en el frente de Aragón, se trasladó a Barcelona y editó el prestigioso periódico revolucionario anarquista en lengua italiana "Guerra di classe". En 1936, aún en París, Marie Louise ayudó a Vernon Richards a conseguir fondos para publicar "Spain and the World" orientada hacia la solidaridad con los cenetistas españoles.

Marie fue dos veces a Barcelona, la segunda vez tras el asesinato de su padre en mayo de 1937. Hundida, se trasladó a Inglaterra donde se une a Vernon Richards. En Inglaterra Berneri trabajó en proyectos como "Revolt!" (el sucesor de "Spain and the World") en 1939, y formó parte del pequeño grupo que inició "War Commentary" (1939). Este grupo sobresalió por su intenso activismo en defensa de las libertades civiles.

Sus amplios conocimientos y contactos en el movimiento internacional le dieron gran autoridad entre los anarquistas, pero sus principios libertarios y modestia personal evitaron que hiciera un mal uso de ésta. En abril de 1945 fue una de las 4 editoras de "War Commentary" que fueron juzgadas por instigación a la rebelión, pero ella quedó absuelta por un tecnicismo legal y cuando sus 3 compañeros fueron encarcelados asumió la responsabilidad de mantener el periódico durante el período de postguerra. Ella asistió a la primera conferencia anarquista internacional de la postguerra en París, en 1948, como miembro de la delegación inglesa. Su madre y su hermana Giliane Berneri también asistieron como miembros de las delegaciones italiana y francesa respectivamente.

Marie Louise murió junto con su bebé durante el parto por una infección vírica el 13 de abril de 1949, a la edad de 31 años. George Woodcock e Ivan Avacumovic dedicaron su biografía sobre Piotr Kropotkin, "El príncipe anarquista" (1950), a Marie Louise Berneri, "una verdadera discípula de Kropotkin."

Tras su muerte, varios de sus trabajos fueron publicados. Entre ellos se destacan "Ni el este ni el oeste" una antología de sus artículos publicados, y "Futuro: viaje a través de utopía", donde María Luisa efectúa un análisis crítico de todas las propuestas utópicas desde el anarquismo y propone una utopía abierta, creadora, desconfiada de los modelos cerrados y opresores.