Los esfuerzos de Pío IX para conservar los Estados de la Iglesia fueron en vano ya que el 20 de septiembre de 1870 el ejército piamontés entró en Roma y puso fin a la soberanía de los Papas que había durado más de mil años.
Pío IX se negó a reconocer el reino de Italia, a establecer relaciones diplomáticas con él y rechazó las garantías personales que se ofrecían y excomulgó al rey Víctor Manuel II de Saboya. Mediante la bula Non Expedit prohibió a los católicos, bajo severas penas canónicas, toda participación activa en la política italiana, incluido el sufragio.
Los últimos años de su pontificado los vivió en condiciones de aislamiento en los palacios del Vaticano, viendo como las propiedades de la Iglesia en Italia eran confiscadas, mientras que en Alemania, Bismark comenzaba su Kulturkampf contra el catolicismo. Su papado había sido uno de los más largos de la historia y, a su vez, uno de los que ha tenido que afrontar problemas más graves.
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En septiembre de 1870, las tropas italianas entraron en Roma a cañonazos. Se la quitaron al Papa y la declararon capital de Italia. Al pontífice no le sentó nada bien, tal como nos explica Nieves Concostrina