El sistema de archivos /usr es con frecuencia grande, debido a que todos los programas están instalados allí.

Normalmente, todos los archivos en /usr provienen de la distribución Linux que hayamos instalado; los programas instalados localmente y algunas otras cosas se encuentran bajo /usr/local.

De esta manera es posible actualizar el sistema desde una nueva versión de la distribución, o incluso desde una distribución completamente nueva, sin tener que instalar todos los programas nuevamente.

Algunos de los directorios de /usr están explicados aquí debajo (algunos de los menos importantes se han omitido, se puede encontrar información adicional en el Estándar del Sistema de Ficheros).

/usr/X11R6

Se encuentran aquí todos los archivos del Sistema X-Windows.

Para simplificar el desarrollo y la instalación de X, sus archivos no fueron integrados dentro del resto del sistema. Existe un árbol de directorios bajo /usr/X11R6 similar al que está bajo /usr.

/usr/bin

En este directorio se encuentran la gran mayoría de los comandos para los usuarios.

Algunos otros comandos pueden encontrarse en /bin o en /usr/local/bin.

/usr/sbin

Comandos para la administración del sistema que no son necesarios en el sistema de archivos raíz, como por ejemplo la mayoría de los programas que proveen servicios.

/usr/share/man, /usr/share/info, /usr/share/doc

Páginas de manual, documentos de información GNU, y archivos de documentación de los programas instalados.

/usr/include

Archivos cabecera para el lenguaje de programación C.

Estos deberían estar de hecho debajo de /usr/lib por coherencia, pero tradicionalmente se ha apoyado de forma mayoritaria esta ubicación.

/usr/lib

Archivos de datos de programas y subsistemas que no sufren cambios, incluyendo algunos archivos de configuración globales.

El nombre lib viene de librería; originariamente las librerías de las subrutinas de programación se almacenaban en /usr/lib.

/usr/local

Es la ubicación para el software instalado localmente y para algunos otros archivos.

Las distribuciones no deben colocar archivos bajo este directorio. Se reserva para ser utilizado únicamente por el administrador local del sistema. De esta manera, aquel se asegura totalmente de que ninguna actualización de su distribución sobreescribirá el software que él mismo haya instalado localmente.