È una delle autrici latinoamericane di maggior successo al mondo, avendo dato alla letteratura sudamericana un contributo enorme. Ha scritto romanzi basati sulle sue esperienze di vita, ma ha anche parlato delle vite di altre donne, unendo insieme mito e realismo. Attualmente vive in California con suo marito, avendo ottenuto la cittadinanza americana nel 2003. A tre anni dalla sua nascita, in Perù, nel 1945 il padre, Tomas Allende, divorzia e abbandona la famiglia; la madre decide di tornare in Cile con i tre figli e andare a vivere nella casa del nonno a Santiago. Grazie all'aiuto del cugino del padre Salvador Allende, futuro presidente del Cile,  a Isabel e ai suoi fratelli non mancherà la possibilità di studiare e di vivere senza problemi economici. La casa del nonno sarà poi evocata nel primo romanzo, La casa degli spiriti, del 1982  che trae spunto dalle vicende della famiglia Allende. Nel 1956 la madre si risposa con un diplomatico e a causa del suo lavoro la famiglia farà dei soggiorni all'estero, prima in Bolivia, poi in Europa e in Libano, soggiorni che le permetteranno di conoscere un mondo diverso da quello da lei fino ad allora conosciuto nella casa del nonno. Tornata in Cile, nel 1962 si sposa con Michael Frias, da cui avrà due figli, Paula e Nicolàs. Da questo momento si dedicherà al giornalismo, mestiere che sarà da lei sempre molto apprezzato. Dopo il colpo di stato di Pinochet dell'11 settembre 1973, lascia il Cile nel 1975 trasferendosi a Caracas, in Venezuela, dove rimane fino al 1988. A quell'anno risalgono il divorzio da Frias ed il successivo matrimonio con William Gordon, con conseguente trasferimento in California, dove risiede tuttora, a San Rafael. Ne Il mio paese inventato Isabel rivela che Il piano infinito parla della vita di suo marito William. Nel 1991 improvvisamente la figlia Paula, a ventotto anni, si ammala di una malattia rara e gravissima, la porfiria, che la trascina in un lungo coma. La madre Isabel non abbandona la figlia per tutto il tempo e rimane al suo capezzale; durante tutto questo tempo comincia a scrivere, raccontando i ricordi della loro vita insieme in una commovente autobiografia. Un anno dopo la scomparsa della figlia, avvenuta nel 1992, la Allende pubblica gli scritti nel libro Paula (1995). Come molte altre personalità, nel 2000 ha partecipato alla vasta campagna di sensibilizzazione mondiale "Respect" promossa dall'Alto Commissariato per i Rifugiati delle Nazioni Unite: sulle note dell'omonima canzone di Aretha Franklin, diversi personaggi noti (fra cui, oltre alla stessa Allende, anche il segretario di stato Madeleine Albright e il premio Nobel Rigoberta Menchú Tum) hanno cantato e ballato. In tempi più recenti Allende si è dedicata alla stesura di una trilogia per ragazzi dedicata ai nipoti: i primi volumi sono stati La città delle bestie e Il regno del drago d'oro poi ha seguito l'ultimo volume La foresta dei pigmei. Il 10 febbraio 2006 ha partecipato alla Cerimonia di apertura dei XX Giochi olimpici invernali di Torino 2006 portando, insieme ad altre sette donne famose, la bandiera olimpica. Nel maggio 2007 è stata insignita a Trento della laurea honoris causa in lingue e letterature moderne euroamericane. Nel Settembre 2010 è stata insignita con il Premio Nazionale Cileno per la Letteratura