Iscrittosi all'Ordine dei giornalisti il 1º aprile 1969, collabora con il quotidiano La Repubblica, occupandosi delle lettere inviate dai lettori. Per anni ha curato le corrispondenze da Parigi e da New York per la Repubblica, nonché per i settimanali L'espresso e Panorama. È il padre della giornalista Rai Natalia Augias. Scrittore giallista, è autore di una trilogia (Quel treno da Vienna, Il fazzoletto azzurro, L'ultima primavera) ambientata nei primi decenni del Novecento, nonché dei romanzi Sette delitti quasi perfetti, Una ragazza per la notte, Quella mattina di luglio e Tre colonne in cronaca (quest'ultimo scritto insieme alla moglie Daniela Pasti). Ha inoltre scritto il libro Giornali e spie nel quale ricostruisce una vicenda di spionaggio realmente avvenuta nel 1917. È stato autore teatrale, appartenente all'avanguardia teatrale romana del Teatro del 101. Ha realizzato "Direzione Memorie", Riflessi di conoscenza e L'onesto Jago. Ha scritto alcuni saggi (I segreti di Parigi, I segreti di Londra, I segreti di New York e I segreti di Roma) nei quali affronta temi culturali ed artistici approfondendo particolari poco noti relativi alla storia, al costume, ed al fascino di alcune fra le principali metropoli. È autore di un saggio-racconto, intitolato Il viaggiatore alato, incentrato sulla vita del pittore livornese Amedeo Modigliani. Nel 2006, in collaborazione con il docente bolognese Mauro Pesce, ha pubblicato il libro Inchiesta su Gesù nel quale affronta, nella forma di un dialogo fra i due coautori, i molti aspetti più o meno noti della persona e del personaggio Gesù. Il libro ha venduto molte copie e alimentato molte polemiche tra i cattolici. Nel 2007 ha pubblicato  Leggere. Perché i libri ci rendono migliori, più allegri e più liberi, un'appassionata ed argomentata difesa della lettura. Nel 2008 ha pubblicato il libro Inchiesta sul Cristianesimo. Come si costruisce una religione, nel quale dialoga sullo sviluppo del Cristianesimo. Nel 2009 è coautore insieme a Vito Mancuso di Disputa su Dio e dintorni.  Nell'agosto del 2010 pubblica per Mondadori I segreti del Vaticano. Storie, luoghi, personaggi di un potere millenario, libro nel quale affronta attraverso le vicende più significative della lunga storia della Chiesa il problema del rapporto fra potere spirituale e potere temporale. Augias ha inoltre ideato e condotto programmi di grande successo e rilievo culturale, tra i quali Telefono giallo, dal quale ha tratto una omonima raccolta dei casi trattati in trasmissione, ed il programma culturale Babele, dedicato interamente ai libri. È rimasta nella memoria una puntata di Telefono giallo dedicata alla strage di Ustica. Per Telemontecarlo, nel 1994 ha ideato e condotto Domino. Augias ha condotto, con Luciano Rispoli, Sandro Curzi e Federico Fazzuoli, una serie di trasmissioni a cui hanno partecipato i maggiori leader politici, durante una campagna elettorale. Conduce, da diverse stagioni, su Rai 3 la striscia Le Storie - diario italiano, un approfondimento culturale quotidiano della durata di circa 30 minuti, sugli argomenti più disparati, dalla musica, alla letteratura, dalla storia recente, alle arti figurative. Dal 2005 conduce periodicamente, sullo stesso canale televisivo, la trasmissione Enigma, dedicata a fatti e personaggi del passato. Sempre su Rai 3 conduce  Le storie - Diario italiano. È stato eletto deputato al Parlamento europeo in seguito alle elezioni europee del 1994 come indipendente nelle liste del Partito Democratico della Sinistra. È rimasto in carica fino al 1999.