Carter nacque in una famiglia dalle scarse risorse economiche. Il padre Samuel John, pittore ed illustratore di grande talento, lavorava dipingendo ritratti di famiglia per l'Illustrated London News. Grazie al padre ebbe la possibilità di imparare a disegnare e di conoscere uno dei più grandi collezionisti di antichità egizie dell'Inghilterra, il barone William Amhurst Tyssen-Amherst, che abitava in un paese vicino; fu qui che il giovane Howard iniziò ad amare la civiltà egizia. Il barone lo presentò all'egittologo Percy Newberry, che lo prese in simpatia e lo consigliò per una spedizione in Egitto come disegnatore con il compito di riprodurre ad acquerello le pitture tombali ed altri reperti archeologici. Giunto al Cairo, Carter conobbe sir William Matthew Flinders Petrie che lo accettò nella spedizione. Quest'ultima durò sei lunghi anni, nei quali Howard apprese le tecniche e metodologie di uno scavo archeologico accurato. Poi alcuni altri scavi in importanti siti quali Beni Hassan (sito del Medio Regno), ad Hatnub con Newberry, a Tell el-Amarna nuovamente con Petrie ed infine al tempio funerario di Hatshepsut a Tebe. A soli 25 anni, nel 1899, egli fu nominato ispettore capo del sud dell'Egitto e divenne quindi responsabile di siti come Karnak, Luxor, Tebe e la Valle dei Re. Fu questo il suo periodo di massima attività, durante il quale scavò le tombe di Seti I e Nefertari, e altri siti importanti come, fra i molti, Abu Simbel e Aswan. Questo periodo felice finì quando l'incontro fra una comitiva di francesi e delle guardie egiziane degenerò in rissa. La Francia pretese scuse formali e Carter, in qualità di responsabile, rifiutò. Fu licenziato dal suo incarico e gli venne stroncata la carriera 1905; l'archeologo decise comunque di continuare a vivere in Egitto, mantenendosi grazie alla vendita dei suoi acquerelli. Il caso o la fortuna vollero che lord George Herbert, si appassionasse di antichità egizie proprio in quegli anni. Giunto a Luxor nel 1908 ed ottenutavi una concessione di scavo, capì immediatamente la necessità di avere sul campo una persona esperta e aggiornata sulle difficoltà della ricerca e gli fu consigliato di ingaggiare Carter. L'intesa fra i due fu immediata e per sette anni scavarono in numerosi siti egiziani arricchendo sempre più la collezione privata di Lord Carnarvon. Il sogno dell'archeologo era l'ambizioso progetto di scavare nella Valle dei Re alla ricerca delle tombe dei due faraoni della XVIII dinastia non ancora scoperte: Amenothep IV/Akhenaton, ed il suo successore e figlio Tutankhamon.  Gli insuccessi e le gravose spese sostenute in cinque lunghi anni fecero scemare l'entusiasmo di Lord Carnarvon che giunse all'idea, nell'estate del 1922, di concludere l'operazione. Ma Carter ancora credeva alla sua scommessa e riuscì a convincere il proprio finanziatore a concedergli ancora una stagione, il tempo necessario per scavare l'ultimo settore da esplorare. Il 3 novembre ripresero gli scavi in quest'ultimo settore, di fronte alla tomba di Ramesse VI. Grande fu la gioia quando dalla sabbia, già il secondo giorno di scavo, riaffiorò un gradino che presto si trasformò in una scala che giungeva ad una porta con ancora intatti i sigilli della necropoli, segno che non era mai stata violata nelle migliaia di anni dalla sua chiusura. Lord Carnarvon venne immediatamente richiamato in Egitto per presenziare all'apertura della porta e giunse ad Alessandria d'Egitto il 20 novembre. Il 26 novembre Howard Carter e Lord Carnarvon erano di fronte alla porta rimasta inviolata dal XIV secolo a.C. Il giorno seguente venne finalmente aperta la porta rivelando così tutta la grandiosità del corredo compresi il sarcofago ed i vasi canopi. Così come da accordi per la concessione di scavo, si iniziò la catalogazione di tutti i reperti del corredo prima di inviarli al museo del Cairo  L'operazione richiese molti anni nei quali giornalisti di tutto il mondo giunsero a testimoniare quella che è considerata a tutti gli effetti la più grande  scoperta archeologica del XX secolo. Il 16 febbraio del 1924, alla presenza di Carter ma non di Lord Carnarvon (morto l'anno precedente), venne aperto il sarcofago che rivelò all'interno la mummia intatta del faraone bambino contenuta in un sarcofago d'oro massiccio del peso di circa 110 kg, con il volto coperto da una maschera d'oro massiccio riproducente le sembianze del defunto.Morì a Londra nel 1939, all'età di 65 anni, senza aver mai avuto la possibilità di esporre alla famiglia reale la sua sensazionale scoperta.