Dunant, discendente da una fervente famiglia calvinista con grande influenza nella società ginevrina, fu educato ai valori dell'aiuto nel sociale: il padre era attivo nell'aiuto di orfani, mentre la madre lavorò con i malati e i poveri. Dunant crebbe durante il periodo di risveglio religioso chiamato appunto Risveglio, movimento di ritorno alla pura dottrina della Riforma. Circa vent'anni dopo scrisse un libretto di adulazione su Napoleone III, l'unico che poteva risollevarlo dai suoi problemi finanziari, adulato come colui che aveva ristabilito il Sacro Romano Impero di Carlo Magno. La madre, come in tutte le famiglie della nuova Chiesa risvegliata, ebbe una sua cerchia di famiglie in difficoltà, che visitava portando il conforto della parola e modesti contributi finanziari. Nelle sue visite, Nancy portò con sé il figlio Henry, che imparò, dalla pratica della madre, l'amore per il prossimo ed il dono di sé, valori che terrà a mente per tutta la sua vita e nelle sue innumerevoli opere umanitarie. Prima dei venti anni fu membro della Societè D'Aumònes, che gestiva opere di carità. In quegli anni faceva visita alle case di infelici caduti in miseria. La domenica pomeriggio si recava dai detenuti della prigione dell'Eveché, presentando ai detenuti, nella cappella del carcere, conversazioni scientifiche, racconti d'avventura e viaggi e soprattutto la Bibbia. Nel 1887 si stabilisce a Heiden, in Svizzera, vicino al lago di Costanza. Dunant soffriva di un eczema alla mano, che a volte gli impediva per giorni di scrivere, e aveva lo stomaco rovinato dalle scarsa e malsana alimentazione. Ma, soprattutto, con gli anni, a causa delle delusioni e delle traversie, aveva sviluppato manie di persecuzione. Dunant si manteneva con la sola rendita dello zio David, ricevuta dal 1872. Più tardi a Heiden riceverà sussidi dalla Croce Rossa Svizzera, versandoli nella cassa di risparmio di Heiden, con l'idea di utilizzarli più tardi. Dal 1897 prenderà una rendita annuale disposta dall'imperatrice Madre Maria Feodorowna della Russia, che lo trarrà dallo Stato di permanente ristrettezza in cui si era rinchiuso. Alla consegna del Premio Nobel per la Pace diede in beneficenza quasi l'intero premio. Morì povero in una stanza d'albergo nel 1910.

Il nome di Henri Dunant è stato in seguito associato anche alla medaglia (medaglia Henri Dunant appunto) che viene conferita ai membri della Federazione Svizzera dei Samaritani attivi da più anni e che rispondono a questi criteri.