[editar] A Guerra da Tríplice Aliança
Em 1855, um novo conflito estalou entre os partidos, e atingiu o seu ponto alto durante a Guerra da Tríplice Aliança (ou Guerra do Paraguai). Em 1863, o general dos Colorados Venancio Flores organizou um levantamento armado contra o presidente Blanco, Bernardo Prudencio Berro. Flores saiu vitorioso, com o apoio do Brasil e da Argentina, que lhe cederam tropas e armas, enquanto Berro forjou uma aliança com o líder paraguaio Francisco Solano López. Quando o governo de Berro foi derrubado, em 1864, com o apoio brasileiro, López declarou guerra ao Brasil.
O resultado foi a Guerra da Tríplice Aliança, um conflito de cinco anos onde o Uruguai, o Brasil e a Argentina combateram o Paraguai, em que Flores acabou por sair vencedor, mas perdendo 95% das suas tropas. Flores não saboreou a sua vitória pírrica por muito tempo, pois foi assassinado em 1868, no mesmo dia que o seu rival Berro.
Ambos os partidos estavam conscientes do caos. Em 1870 chegaram a um acordo para definir as esferas de influência de cada um: os Colorados controlariam Montevideu e a região costeira, já os Blancos controlariam o interior com os seus espaços agrícolas. Além disto, os Blancos receberam meio milhão de dólares para os compensar pela perda de Montevideu. Contudo a figura do caudilho foi difícil de apagar do Uruguai e os feudos políticos continuaram.