A rede fluvial é comandada pelo rio Uruguai, que recebe como afluentes o Quaraí, o Arapey, o Daymán, o Quegay, o Haedo e o Negro. É navegável por embarcações de pequeno calado desde Salto, a 320km de sua foz. O rio Negro, o maior do país, é navegável apenas em seu curso inferior e recebe por sua vez as águas do Tacuarembó e do Yí. Para o estuário do Prata corre o Santa Lucía, engrossado pelo San José e pelo Pintado e, para a lagoa Merín (Mirim), o Yaguarón (Jaguarão), o Tacuarí e o Cebollatí.