No que tange à fauna, ainda se vêem onças nas áreas mais remotas. Outros mamíferos nativos são a raposa, o veado, gato-do-mato, a capivara e alguns pequenos roedores. Os mamíferos marinhos abundam nas rochas e ilhotas desabitadas da costa atlntica, como a Isla de Lobos. No mesmo litoral, lagoas abrigam grandes colônias de aves aquáticas, como o pato-real. Há também periquitos, abutres, corujas e flamingos. São comuns as aranhas e cobras venenosas, além de lagartos e tartarugas.