[editar] Dinastia Filipina

Ver artigo principal: Dinastia Filipina e Guerra Luso-Holandesa

Em 1580, com a morte do rei D. Sebastião na batalha Batalha de Alcácer-Quibir, Portugal enfrenta uma crise dinástica cuja análise se mostrou complexa. Apesar dos esforços de D. António, o Prior do Crato, o trono caiu nas mãos dos reis de Espanha, sob a forma de monarquia dual - dois reinos, um rei.

Durante a Dinastia Filipina o império português sofreu grandes reveses ao ser envolvido nos conflitos de Espanha com a Inglaterra, a França e a Holanda. Os confrontos foram iniciados a pretexto da Guerra dos Oitenta Anos. Entre 1595 e 1663 foi travada a Guerra Luso-Holandesa com as Companhias Holandesas das Índias Ocidentais e Ocidentais, que tentavam tomar as redes de comércio portuguesas de especiarias asiáticas, escravos da áfrica ocidental e açúcar do Brasil. Portugal foi envolvido no conflito por estar unificado sob a coroa dos Habsburgos, mas os confrontos perduraram vinte anos após a Restauração da Independência em 1640.

Face ao ocorrido, e à instabilidade social provocada pela quebra de promessas pelos reis castelhanos, Portugal vive um período de guerra interna pela restauração da Independência, até conseguir a Paz que elevaria D. João IV ao trono português.

Após 1640 (fim da dinastia filipina), a Coroa Portuguesa criou o Conselho Ultramarino, encarregado de uma nova política colonial, com o objetivo de superar a situação económica enfrentada pela Metrópole. Neste contexto, o Brasil, como a maior e a mais rica das colónias, foi alvo de um arrocho económico e administrativo, e ao mesmo tempo, estimulou-se a busca pelo ouro e pedras preciosas. Assim, procurou-se reduzir os poderes das Cmaras Municipais, caracterizados no localismo político dos “Homens Bons” da Colónia.