Por Cédula Real del Príncipe Felipe II de España y otorgada por el emperador Carlos V (Carlos I de España), el 27 de octubre de 1535, se concedió a Cholula el título de Ciudad. El 19 de junio de 1540, el emperador Carlos V y su madre doña Juana I de Castilla (Juana la Loca) otorgaron el Escudo de Armas.
En la época virreinal llegaron a construirse en el valle cholulteca más de un centenar de iglesias –circunscripción del distrito –no llegando a las míticas 365 como se pregona aún por propios y extraños. Sin embargo el mito de tantos templos como días tiene el año es una quimera que se desprende de un error en la interpretación de las crónicas de la conquista, deseo desbordado que no se aleja tanto de la realidad, por la inmensa cantidad de teocallis que fueron observados y destruidos durante la ocupación española.
El 13 de febrero de 1895 por Decreto del XIII Congreso Constitucional del Estado y en honor del presidente argentino Bernardino Rivadavia —que nunca conoció la ciudad— se rindió tributo a su memoria, asignándole su nombre al entonces Distrito con cabecera en San Pedro Cholula, confundiéndose desde entonces la designación hecha a la circunscripción del distrito con el nombre de la antigua ciudad. De acuerdo con el Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática, el nombre de la cabecera del municipio de San Pedro Cholula es Cholula de Rivadavia.6
Durante varias décadas del pasado siglo, el gobierno municipal fue reñido por tres grupos políticos locales, con suficiente influencia para someter el crecimiento urbano de la metrópoli a su capricho. En algunos de los casos, el gobierno municipal perdió sus bienes, se destruyeron vestigios arquitectónicos y se perdieron los amplios atrios y huertas de los templos, que gracias a la complacencia o complicidad de las autoridades que permitieron que los bienes comunes o públicos pasaran a propiedad privada.
Iglesia de Nuestra Señora de los Remedios, construida en la parte superior de la Gran Pirámide.
Los antecedentes se perdieron, cuando un presidente municipal Joaquín Roldán Casco, quemó el archivo municipal en un horno de su panadería, quien consideró que los amarillentos papeles no tenían interés alguno.
La riqueza novohispana de la teocrática ciudad durante años, ha sido devastada por los depredadores culturales, quienes tolerados por sus familiares o amigos gobernantes, paradójicamente, siendo herederos de la milenaria riqueza han permitido su saqueo o destrucción.
También los fenómenos naturales han colaborado en la pérdida de las riquezas ancestrales de los cholultecas, como lo fue el sismo del 15 de junio de 1999, que afectó a la mayoría de templos novohispanos, resultando severamente dañadas las iglesias de San Andrés Cholula y el templo dedicado a la Virgen de los Remedios, que se edificó sobre el gran teocalli.
El municipio de S,m vm kvmkgv, de Cholula]] y su historia está ligada al desarrollo de los municipios conurbados, como San Andrés Cholula, Cuautlancingo y Coronango, entre otros.
La relevancia de Cholula en el contexto internacional es indiscutible, derivado de sus vestigios arqueológicos, en especial el Tlachihualtepel (Cerro hecho de tierra) o también llamado Machihualtépetl (Cerro hecho mano).
Dentro de los últimos años, se ha tratado de impulsar el turismo dentro de este municipio, siendo que siempre ha gozado de fama dentro de los turistas nacionales y extranjeros debido principalmente a la Gran Pirámide de Cholula, que fuese dedicada al dios prehispánico Tláloc y a la iglesia que fue construida encima de ella posterior a la conquista y que fuese dedicada a Nuestra Señora de los Remedios. Por esta razón se ha invertido en la infraestructura y se han restaurado partes importantes de sus iglesias; así como se han trabajado en las zonas arqueológicas que tiene y se ha impulsado el comercio artesanal y la creación de diferentes festivales y eventos; todos estos esfuerzos culminan el 30 de octubre de 2012 cuando se les fue otorgado junto con su municipio contiguo San Andrés Cholula (con quién comparte la Gran Pirámide), el título de "Las Cholulas Mágicas", perteneciente a la denominación de Pueblos Mágicos, título otorgado por la Secretaría de Turismo y que impulsa su turismo a nivel nacional e internacional al promoverlo como una ruta turística muy atractiva.[1]