La denominación oficial de la ciudad de acuerdo al Instituto Nacional de Estadística y Geografía es Cholula de Rivadavia,⁵​ dado en honor del héroe argentino Bernardino Rivadavia; sin embargo, hay fuentes que consideran esto erróneo como a continuación se explica:

Durante varias décadas la milenaria ciudad de Cholula, en el estado de Puebla, México, se llamó incorrectamente Cholula de Rivadavia, como la cabecera del municipio de San Pedro Cholula. Denominación que se originó de una mala interpretación que se le dio al Decreto del 13° Congreso del Estado de Puebla, del año de 1895.

El apellido del primer presidente de Argentina, Bernardino Rivadavia, fue dado al distrito y no a la ciudad, el decreto correspondiente dice:

13º Congreso. "Comisión de Gobernación. H. Legislatura. La República Argentina acaba de tener la deferencia que nunca le agradeceremos bastante, de poner el nombre de Juárez a uno de sus distritos.

Esta prueba de admiración a uno de nuestros más grandes hombres exige de nuestra parte una manifestación de gratitud y de correspondencia, que solo podemos dar haciendo lo mismo que ha hecho aquella república, poniendo a alguno de nuestros distritos el nombre de uno de sus héroes. Puebla es, sin género de duda, por sus gloriosos hechos, el Estado más conocido en todo el Continente y es aquí donde debemos apresurarnos a corresponder a nuestra hermana del Sur su manifestación de simpatía.

Es a su vez Cholula por su importancia en la Historia del Imperio que se hundió en las sombras con la muerte de Cuauhtémoc, el Distrito al que mejor que a otro cualquiera podemos bautizar con el nombre de algún ilustre argentino. Y para que exista alguna analogía entre el pasado de Cholula, teniendo en consideración la resistencia que allá se puso al Conquistador Castellano, nos ocurre el nombre del glorioso General Rivadavia héroe de la independencia de la referida República.

Estamos seguros de que V. H. encontrará justo y prudente corresponder a los sentimientos amistosos de una de las más avanzadas Naciones Hispano-Americanas y por lo tanto esperamos que se sirváis aprobar el siguiente proyecto de decreto para el que pedimos dispensa de todo trámite:

Artículo Único.- El Distrito de Cholula se denominará en lo sucesivo:

Cholula de Rivadavia

Salón de Sesiones. Puebla de Zaragoza, febrero 12 de 1895. Rúbricas. Agregados al Documento.

Remitimos a U. copia del proyecto que ha de discutirse en la sesión de mañana en el que se propone que el Distrito de Cholula se denomine en lo sucesivo "Cholula de Rivadavia". Sírvase U. Acusarnos recibo y aceptar las protestas de nuestro aprecio. Febrero 12/95 Gobierno del Estado. Para los efectos legales, tenemos la honra de remitir a U. el decreto, que previene que el Distrito de Cholula se denomine en lo sucesivo "Cholula de Rivadavia". Puebla, 13 de febrero de 1895.

Por el atento oficio de Ustedes no. 76, fecha de ayer, quedo enterado de que hoy se discutirá en esa Cámara el proyecto de decreto en el cual se propone que el Distrito de Cholula en lo sucesivo se denomine "Cholula de Rivadavia".

Puebla, 18 de febrero de 1895.

Con el atento oficio de Uds. No. 78 fecha 13 del mes actual, se recibió en esta Secretaría el decreto que previene que el Distrito de Cholula se denomine en lo sucesivo "Cholula de Rivadavia".

Reitero a Uds. mi particular aprecio. Rúbricas.

Cholula de Rivadavia. "Agustín Mora, gobernador interino constitucional del estado libre y soberano de Puebla, a sus habitantes, sabed: Que por la secretaría del Congreso se me ha comunicado el siguiente decreto: el 13º Congreso Constitucional del Estado Libre y Soberano de Puebla, decreta: Artículo Único: el distrito de Cholula se denominará en lo sucesivo Cholula de Rivadavia. El gobernador hará publicar, circular y obedecer el presente decreto.

Dado el palacio del congreso. Puebla de Zaragoza, febrero 13 de 1895 M. Muñoz, D.VP. Juan Crisóstomo Bonilla. D. S. V. Vergara D. S. Por tanto, mando se imprima, publique y circule, para sus efectos, Palacio del Departamento Ejecutivo, Puebla de Zaragoza, febrero 13 de 1895. Agustín Mora A. M. Fernández, secretario general".'

Historia de la Matanza de Cholula: Cholula era considerada la ciudad de Quetzalcóatl, dios de la vida, la luz y la fertilidad, por lo tanto era una ciudad sagrada. En ella reinaban dos señores llamados Tlaquiach y Tlalchiac y los que los sucedían recibían el mismo nombre. Según los informantes indígenas, los Tlaxcaltecas al recibir en son de paz a los españoles, rápidamente empezaron a intrigar en contra de los cholultecas y mexicas para que fueran a combatirlos diciéndoles que eran fuertes enemigos y que se caracterizaban por ser guerreros difíciles de derrotar; Fue entonces que los dirigieron hasta llegar a Cholula, ahí reunieron a toda la gente en el lugar denominado "el atrio del dios", cerraron entradas y sin que los cholultecas pudieran defenderse empezó la bien conocida Matanza de Cholula, destruyeron templos, saquearon casas y siguieron su camino hacia México Tenochtitlán.