Alejandría en el siglo IV era un centro de estudiosos neoplatónicos. Aunque es posible que estudiase en la escuela neoplatónica de Plutarco el Joven y su hija Asclepigenia en Atenas, su tipo de neoplatonismo era más tolerante y estaba basado en las matemáticas.^[4^] Había rivalidad entre las escuelas neoplatónicas de Alejandría y Atenas; la escuela de Atenas daba importancia a la magia y a lo oculto. Para los cristianos, sin embargo, todo platónico era un peligroso hereje.

Su pensamiento:

Es un hecho indiscutible que Hypatia se enfrascó en la política de Alejandría. Uno de sus alumnos, Hesiquio el Hebreo, escribió: "Vestida con el manto de los filósofos, abriéndose paso en medio de la ciudad, explicaba públicamente los escritos de Platón, o de Aristóteles, o de cualquier filósofo, a todos los que quisieran escuchar [...] Los magistrados solían consultarla en primer lugar para su administración de los asuntos de la ciudad

Como pagana, partidaria del racionalismo científico griego y personaje político influyente, se encontraba en una situación muy peligrosa en una ciudad que iba siendo cada vez más cristiana. En 412 Cyrilo, un cristiano fanático, se convirtió en patriarca de Alejandría, y se desarrolló una intensa hostilidad entre él y Orestes, prefecto romano de Egipto, antiguo alumno y viejo amigo de Hypatia. Poco después de asumir el poder, Cyrilo empezó a perseguir a los judíos, a quienes echó de la ciudad a millares. Luego, a pesar de la vehemente oposición de Orestes, dedicó su atención a librar la ciudad de los neoplatónicos. Haciendo caso omiso de los ruegos de Orestes, Hypatia se negó a traicionar sus ideales y convertirse al cristianismo.

Así el obispo de Nikiu en sus crónicas nos cuenta:

"Y en esos días apareció en Alejandría una filósofa, pagana de nombre Hypatia, consagrada a las magias, astrología y músicas, engaño a muchas personas a través de la superchería satánica. El prefecto de la ciudad la honró, ya que le había engañado a través de su magia, dejó de asistir a la iglesia como había sido su costumbre, aunque encontrándose en una situación de peligro, volvió a asistir. No solo arrastró al gobernador sino a muchos otros creyentes. Habiendo decretado el gobernador un edicto en relación con el desarrollo de los espectáculos teatrales, y los ciudadanos que asistiesen a ellos. En cuanto Cyrilo fue nombrado patriarca, quiso conocer el sentido de este edicto. Había un hombre de nombre Hierax, un cristiano entendido e inteligente, seguidor del patriarca y obediente a sus deseos, y bien versado en el conocimiento de la fe cristiana, que acudió al teatro para conocer la naturaleza del decreto. Pero cuando los judíos le vieron en el teatro, clamaron "este hombre no viene con buenos propósitos, solo busca la provocación"..."

Su muerte:

El asesinato de Hypatia está descrito en la obra de un historiador cristiano del siglo V, Sócrates el Escolástico:

"Todos los hombres la reverenciaban y admiraban por la singular modestia de su mente. Por lo cual había gran rencor y envidia en su contra, y porque conversaba a menudo con Orestes, y se contaba entre sus familiares, la gente la acusó de ser la causa de que Orestes y el obispo no se habían hecho amigos. Para decirlo en pocas palabras, algunos atolondrados, impetuosos y violentos cuyo capitán y guía era Pedro, un lector de esa iglesia, vieron a esa mujer cuando regresaba a su casa desde algún lado, la arrancaron de su carruaje; la arrastraron a la iglesia llamada Cesárea; la dejaron totalmente desnuda; le tasajearon la piel y las carnes con caracoles afilados, hasta que el aliento dejó su cuerpo; descuartizan su cuerpo; llevan los pedazos a un lugar llamado Cinaron y los queman hasta convertirlos en cenizas (p. 308).

Los hechos ocurrieron en marzo de 415, justo un siglo después de que los paganos hubieran asesinado a Catalina, una erudita alejandrina cristiana. Los asesinos eran parabolanos, monjes fanáticos de la iglesia de San Cyrilo de Jerusalén, quizá ayudados por monjes nitrios. No se sabe si Cyrilo ordenó directamente el asesinato, pero por lo menos creó el clima político que hizo posible tan atroces hechos. Más tarde Cyrilo fue canonizado.

Orestes informó del asesinato y solicitó a Roma que se iniciara una investigación. Luego renunció a su puesto y huyó de Alejandría. La investigación se pospuso repetidas veces por "falta de testigos" y más tarde Cyrilo proclamó que estaba viva en Atenas. El brutal asesinato de Hypatia marcó el final de la enseñanza platónica en Alejandría y en todo el Imperio romano.

Con la difusión del cristianismo, la aparición de numerosos cultos y el caos religioso generalizado, el interés en la astrología y el misticismo sustituyó a la investigación científica. En 640 los árabes invadieron Alejandría y destruyeron lo que quedaba del Museo. Pero aunque Europa ya había entrado en la era del oscurantismo, la ciencia griega sobrevivió en Bizancio y floreció en el mundo árabe.

Aunque la vida de Hypatía acabó trágicamente, su obra permaneció y después Descartes, Newton y Leibniz extendieron su trabajo. Alcanzando logros extraordinarios para una mujer de su época. Los filósofos la consideraron una mujer de gran conocimiento y una maestra excelente.

"Fue una persona que dividió a la sociedad en dos partes: aquellos que la consideraban como un oráculo de luz, y aquellos que la veían como un emisario de las tinieblas". (Elbert Hubbard, p. 280.)