Juan Knox nació en Giffordate, Escocia. Muy poco se conoce sobre sus padres, aparte de que el padre era hijo de un terrateniente respetable y rico; de modo que Juan no se crió en un hogar pobre y recibió excelente educación.

Siendo Juan todavía muy pequeño falleció su madre, y el padre se volvió a casar. Cuando Juan empezó a estudiar en la universidad, se daba por sentado que llegaría a ser sacerdote; de modo que se dedicó a aprender latín y griego. Sin embargo, sus planes no eran desempeñar las tareas regulares y habituales de un sacerdote. Quería más bien especializarse para llegar a ser un oficial jurídico de la iglesia.

Estudió en la universidad de Glasgow durante ocho años, para recibir su licenciatura en artes. No bien se hubo graduado, llegó a ser profesor de filosofía en la universidad. A los 25 años, Knox fue ordenado sacerdote.

Sin embargo, pronto se sintió inquieto en cuanto a su nuevo cargo. Anhelaba profundizarse más en la teología. Empezaba a ver cuán corrupta era, en realidad, la iglesia Romana en Escocia. Mientras más estudiaba los escritos de San Jerónimo y San Agustín, más lo conducían éstos a las Escrituras. Al acudir al Nuevo Testamento, y al estudiar cuidadosa y detalladamente las verdades contenidas en él, fue confirmado como ciertas sus sospechas en cuanto a la iglesia Romana. Esto ocurrió más o menos por el año de 1535, pero tardo siete años antes de decidirse a renunciar a la iglesia de Roma y declararse como reformador.

Knox sabía que le sería totalmente inútil quejarse acerca de la corrupción que observaba en la iglesia. También sabía que si acaso decía algo en contra de la iglesia, lo tacharían de hereje, y quizá hasta tratarían de darle muerte. Al mismo tiempo, tenía que reconocer que la iglesia a la cual pertenecía estaba profundamente comprometida. Como consecuencia, empezó a estudiar, a reflexionar, a orar, y a pedirle a Dios que le indicara lo que debía hacer.

El protestantismo apenas se iniciaba en los primeros días de Knox. Un predicador, de nombre Jorge Wishart, empezó a predicar, exponiendo los males que prevalecían en la iglesia Romana. Juan Knox quedó tan impresionado por lo que decía aquel hombre, que aprendió la verdad del evangelio, dejó la iglesia Romana, y siguió la obra de Wishart. Se convirtió en criado y ayudante de dicho pastor, y en todo tiempo llevaba una espada, listo para proteger a su patrón.

Cuando Wishart fue arrestado y condenado a ser quemado vivo, le pidió a Knox que se separara de él, diciéndole que Juan sería perseguido, sin duda alguna, y que no era necesario que ambos murieran como mártires. Knox, al principio, se opuso, pero al fin siguió el consejo de su amigo. Knox nunca más le volvió a ver, pues Wishart entregó su vida como un mártir del Señor Jesucristo.

A causa de sus creencias, Knox se vio forzado a huir de un lugar a otro, con el fin de evitar que lo tomaran preso. Pensaba ir a Alemania, pero sus amigos le convencieron a que se refugiara en un castillo. De este modo, en la primavera de 1547, se mudó al castillo, llevando consigo a los alumnos. (Antes de esto, había trabajado para dos familias como tutor, y en parte también como sacerdote.) Sin embargo, sabiendo que sus amigos lo buscaban, se sentía inseguro en el castillo; por lo tanto, junto con sus alumnos, pronto se trasladó a la población de San Andrés; en Escocia, en donde daba clases en una capilla todos los días.

Pronto otras personas acudieron para escucharle, y con el tiempo Knox sintió que Dios lo estaba llamando a predicarles el evangelio. Así lo hizo, manifestando a la gente el pecado del pueblo escocés, y hablándoles de la santidad de Dios.

Frisaba entonces los cuarenta años, y el interiormente tímido Knox, súbitamente se convirtió en un predicador intrépido. No procuraba presentar mensajes bellos, más bien decía al pueblo que había venido como un profeta enviado de Dios, y que nos le traía palabras dulces y agradables, sino palabras duras. A pesar de los problemas y las persecuciones en el país, Juan Knox perseveró mostrando a al pueblo pecaminosidad de sus corazones. Les decía que Dios derramaría Su ira sobre ellos si no se arrepentían.

La reina de Escocia por fin desterró a Knox y a sus seguidores, enviándoles a Francia en un barco. Allí debía ser encadenado y condenado a las galeras. Después de diecinueve meses, Knox fue liberado de aquella nave de esclavitud. Se marchó, entonces, a Inglaterra, pues le era muy peligroso regresar a Escocia. Se colocó en un puesto en la Iglesia Protestante de Inglaterra, y dentro de poco tiempo, tenía a su cargo una congregación buena y floreciente.

Teniendo ahora más de cuarenta años, Knox llegó a conocer a Marjorie Bowes, y se enamoró de ella. La madre de la joven concedió su permiso para que se casaran, pero el padre no quiso consentir, puesto que simpatizaba con la iglesia Romana. Después de esperar por tres años, confiando en que él iba a ceder, finalmente se casaron.

Por un tiempo, todo parecía irle bien. Ya no sufría la oposición que había soportado anteriormente, y la vida le parecía un poco más fácil. No obstante, ese mismo hecho le molestaba. Sabía que no debía debilitarse en su manera de predicar. No podía pedirle a Dios Su divina dirección si no le era fiel en proclamar la verdad. Knox decidió que no le temería a nadie.

En diciembre de 1551 fue elegido para ser uno de los seis capellanes reales. Como resultado de ello, no sólo predicaba en la corte del joven rey Eduardo VI, el cual pronto llego a ser su amigo íntimo, sino que también tuvo la oportunidad de visitar iglesias en todas partes del país. Esto fue muy cansador para Knox, pero él siguió predicando fielmente. Apenas tres años atrás había sido un esclavo en una galera francesa. Ahora era uno de los representantes de Inglaterra, predicando en todas partes del reino, e inclusive dando sugerencias en cuanto a cambios en el orden del culto en las iglesias. En julio de 1533, el joven rey de Inglaterra murió, a los dieciséis años. Su trono pasó a María Tudor, conocida en la historia como "Maria la Sangrienta". Al poco tiempo, toda la ley que favorecía al protestantismo fue revocada. Todo cambió entonces para Juan Knox. Su sueldo fue suspendido. Sus buenos amigos estaban muriendo como mártires.

Knox sabía que su ministerio ya no podría continuar siendo efectivo en Inglaterra. Sabía que tendría que dejar a su esposa, y a la familia de ella, y huir a Francia. Pero prometió regresar. Desde Francia, siguió su camino hacia Suiza, en donde fue recibido calurosamente por los ministros y las iglesias protestantes.

Después de dos meses regresó a Francia. Se sintió feliz al hallar allí varias cartas. Una de ellas le informaba que su esposa y su suegra estaban seguras. Sin embargo, la persecución iba en aumento, de modo que no era prudente regresar.

Apesadumbrado regresó a Suiza. Un grupo de refugiados protestantes había formado una iglesia en Francfort, Alemania, y le pidieron a Knox que fuera su pastor. Sirvió allí durante más o menos un año.

Mientras tanto, algunos cambios políticos habían ocurrido en Escocia; y a los protestantes se les concedió más libertad.

Para 1555 recibió una petición urgente, rogándole que regresara a su patria. Así lo hizo, pasando primero por Inglaterra, en donde encontró a su esposa sana y segura. Luego fue a Escocia.

Al volver de nuevo a su patria, Knox observó que parecía haber una nueva actitud en la generación reciente. Esto no sólo lo sorprendió, sino que también lo puso muy contento. La última vez que había estado en Escocia había predicado acerbamente en contra de la iglesia Romana, la misa, y los métodos empleados por los líderes de tal iglesia. Ahora sentía que debía predicar un mensaje más positivo. Todavía creía firmemente que la gente debía salir de la iniquidad de la iglesia Romana, pero ahora sentía que tenía también que conducirles a dar un paso más hacia delante. ¿Qué tenían que hacer al abandonar tal iglesia?. Konx les enseñó a celebrar la Cena del Señor semanalmente, a estudiar la Palabra de Dios y a reconocer que formaban parte de la Iglesia de Jesucristo.

La reina María, y también los obispos de Escocia, llegaron a enterarse de la predicación sin rodeos de Knox. Conociendo el carácter de dicho predicador, le ordenaron comparecer ante ellos el 15 de mayo de 1556. para su sorpresa, cuando apareció en Edimburgo no se encontraba solo. Lo acompañaba una inmensa multitud, lista para actuar sí acaso alguien osaba levantar la mano en contra de su pastor. De inmediato los obispos retiraron la citación; y desde entonces se le permitió predicar abiertamente y a congregaciones más numerosas que antes.

Poco después de esto, recibió un llamado de parte de su iglesia en Suiza. Regresó de inmediato. Por primera vez pudo establecer un hogar en Ginebra. Durante los tres años siguientes le nacieron dos hijos, Natanael y Eliécer. Aun cuando Knox y su familia estaban felizmente radicados en Suiza, él todavía ardía en deseos de evangelizar al pueblo de Escocia. Fue invitado otra vez por los ministros reformados de Escocia, y así, en mayo de 1559, regresó nuevamente a su tierra.

En 1560 falleció su esposa. Le quedaban dos hijos pequeños, y su suegra, de la cual también tenía que cuidar. Ambos hijos recibieron una buena educación, en preparación para el ministerio. Sin embargo. Los dos murieron muy jóvenes, y sin hijos.

La vida entera de Juan Knox parecía estar llena de luchas a causa de sus convicciones. Una reina se levantaba tras otra, un problema detrás de otro, y también había guerras, persecuciones y ansiedades. Más sin embargo, Knox permaneció firme, porque estaba seguro de que hacía lo que era recto.

Cuatro años después de la muerte de su esposa Marjorie, Knox se volvió a casar; esta vez con Margarita Stuart Ochiltree, una jovencita de diecisiete años. Juan Knox tenía ya cincuenta años, de modo que su casamiento ocasionó bastante habladuría. No obstante, Margarita resultó ser una cónyuge digna y congenial para Knox; y vivieron felices hasta que él murió. De este matrimonio nacieron tres hijas. Después de sus segunda nupcias, Knox participó muy poco en la vida política y pública. Siguió predicando, pero más reposadamente.

A fines de 1570, pocos años después de haberse casado con Margarita, Knox sufrió una leve embolia, que le dejó sin habla por un breve tiempo. No podía caminar ni escribir; todo el mundo creía que le había llegado su fin. Sin embargo, a la semana siguiente estaba de nuevo en el púlpito, predicando como de costumbre. En noviembre de 1572, cayó otra vez enfermo, y esto le debilito en extremo. El día de su muerte se pasó escuchando a su esposa y a otras personas, a las cuales había pedido que leyeran algunos pasajes bíblicos. Leyeron durante varias horas seguidas; y luego, siendo las once de la noche, se arrodillaron para orar a Dios. Juan Knox murió en paz, y se fue para estar con el Señor, a Quien había amado y servido.