Unas décadas más tarde, cuando la rebelión de Juan Santos Atahualpa empezaba a ser olvidada, un movimiento mucho más fuerte y violento sacudió al Virreinato del Perú. El 4 de noviembre de 1780, José Gabriel Condorcanqui, cacique de Tinta, Surimana y Tungasuca, apresó al corregidor Antonio de Arriaga y seis días después lo mandó ejecutar públicamente. El cacique se hizo llamar Túpac Amaru II, proclamándose descendiente de Túpac Amaru I, último de los incas rebeldes de Vilcabamba, quien fue ejecutado por el virrey Toledo.
El origen
Túpac Amaru II era un curaca acomodado y prestigioso. Tenía gran número de mulas, con las que se dedicaba al comercio y transporte de mercaderías a través de toda la sierra sur. Sin embargo, se vio afectado -como el resto de la población- por el establecimiento de aduanas y el alza de las alcabalas, reformas fiscales instituidas por el visitador José Antonio de Areche.
Por otro lado, Túpac Amaru vivía la situación típica de los curacas: tenía que mediar entre el corregidor y los indígenas a su cargo. Realizó reclamos ante las autoridades coloniales en Tinta, Cusco y Lima sin obtener respuesta alguna. De esta manera se desencadenó la primera fase de la rebelión.
Radicalización
Con el apoyo de otros curacas, mestizos y algunos criollos, la rebelión se extendió rápidamente. La convocatoria de Túpac Amaru buscó integrar a indígenas, criollos, mestizos y negros. Entre sus ofrecimientos se hallaban la abolición tanto del reparto como de la alcabala, la aduana y la mita de Potosí.
Si bien en un primer momento Túpac Amaru afirmó que su intención no era ir en contra del rey, sino en contra del «mal gobierno» de los corregidores, más tarde la rebelión se radicalizó.
Los enfrentamientos y el desenlace
Las noticias sobre la ejecución de Arriaga llegaron al Cusco y sus alrededores rápidamente, aunque de manera confusa. El corregidor de dicha ciudad tomó medidas y organizó la defensa, al tiempo que informaba a Lima del levantamiento y su violento inicio. El movimiento siguió creciendo, y las filas de ambos bandos se engrosaron. El 18 de noviembre de 1780 se enfrentaron en Sangarará, donde triunfaron los rebeldes. Finalmente, las tropas represoras enviadas desde Lima por el virrey Jáuregui derrotaron y capturaron a Túpac Amaru.
En el Cusco, donde se le hizo un juicio sumario, Túpac Amaru II fue ejecutado públicamente en la plaza mayor, al mediodía del 18 de mayo de 1781. Tras cortarle la lengua, se le tendió en el piso, atándole las extremidades a cuatro caballos que corrieron una y otra vez en direcciones opuestas para descuartizarlo, aunque sin éxito. Se tuvo entonces que apresurar la ejecución cortándole la cabeza. Ese mismo día, antes de Túpac Amaru, fueron ejecutados los jefes de la rebelión, entre quienes había miembros de su familia, como su esposa, Micaela Bastidas.
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