Uno de los líderes rebeldes en los Países Bajos, el CONDE DE EGMONT, tuvo contacto en Madrid con el príncipe Carlos en 1565, que estaba pensando en escaparse a dicho lugar del imperio. El príncipe le confió su plan al PRÍNCIPE DE ÉBOLI, quien informó inmediatamente al rey. En 1566 el BARÓN DE MONTIGNY  , que llegó a Madrid representando a los rebeldes Egmont y Hornes, también tuvo contacto con el príncipe. Durante 1567 el príncipe cometió nuevos excesos, como mandar incendiar una casa desde la que se lanzaron unas aguas sucias que le mancharon, o amenazar de muerte al DUQUE DE ALBA , que había de partir hacia Flandes en su lugar.

El DUQUE DE ALBA encarceló más tarde a Hornes, y Montigny fue ejecutado tres años después. Don Carlos intentó otro plan para ir a los PAISES BAJOS, pidió a su tío don JUAN DE AUSTRIA  que le llevara a Italia, pero el hermanastro del rey  también  informó a Felipe  de los proyectos de su hijo . Además le habló al prior del convento de Atocha de su deseo de matar al Rey. Finalmente, FELIPE II mandó el 18 de enero de 1568 encerrar a su hijo en sus aposentos sin recibir correspondencia y con limitada comunicación con el mundo exterior. Como el príncipe amenazó con quitarse la vida, Felipe II ordenó que no pudiese tener cuchillos ni tenedores. Al informar a la opinión pública, así como a los gobernantes y familiares  de Europa, el Rey fue ambiguo, pues por un lado debe justificarse y por otro trata de no revelar las faltas de don Carlos. Esta falta de transparencia , alimentaría los rumores y la propaganda negativa de sus enemigos, especialmente de GUILLERMO DE ORANGE , conduciría a la Leyenda Negra , mantenida durante años  .

“Duque y primo mío –escribía el rey-: Vos sabéis muy bien cuál es el natural del príncipe, mi hijo, y cuáles sus acciones, para que tenga que detenerme en justificar la medida que acabo de adoptar y explicaros los motivos de mi suprema resolución. Después de vuestra partida han tomado tal carácter las cosas, han sobrevenido tantos acontecimientos particulares y de importancia, a tal extremo ha llegado el príncipe en desmerecimiento, que al fin me he decidido a asegurarme de él, encerrándolo en sus habitaciones con guardia especial. El escándalo ha sido grande, la medida que he tenido que adoptar es severa; pero de lo poco que habéis visto y de lo mucho que sabéis podréis deducir si mi resolución es prudente y bien fundada. En lo que se refiere a mí solo, con sus desobediencias y faltas de respeto de todas clases, habría tenido paciencia, o, al menos, habría empleado otros procedimientos; pero teniendo en cuenta mis deberes para con Dios, para con el bien público de la cristiandad y de mis Estados, he visto en toda su evidencia los inconvenientes, los peligros que podían seguirse en el porvenir, lo mismo que los que ya nos amenazan.”