Se hace mediante una punción con una aguja especial en un espacio intervertebral de la columna, a la altura de la zona lumbar entre las vértebras lumbares 4 y 5, habitualmente. También se puede realizar entre las vértebras lumbares 3 y 4.
Es fundamental la colaboración del paciente pues si está bien colocado y tiene una "buena espalda" duele menos que una inyección intramuscular. El problema es que todos le tenemos mucho miedo, nos ponemos muy tensos, contraemos los músculos y al final lo hacemos más complicado de lo que en realidad es.
Esta prueba debe ser realizada con el máximo de asepsia, de tal forma que se cree un ambiente estéril. No obstante estas condiciones se pueden reproducir a la cabecera de la cama del paciente.
El individuo debe estar en una posición determinada, concretamente tumbado de uno de sus lados (decúbito lateral) y con las piernas flexionadas (posición fetal), llevando las rodillas hacia la barbilla y justo en el borde de la cama. Tiene que arquear la espalda todo lo posible para abrir el espacio entre las vértebras y podamos realizar la punción con más facilidad y con menos molestias para el paciente. El paciente debe rodear sus rodillas con los brazos con el fin de forzar la posición y mantenerla durante el tiempo necesario. En ocasiones, y sobre todo en los niños, la prueba puede realizarse en posición de sentado, doblando la espalda hacia delante. Primero el médico tocará la espalda para calcular dónde va a realizar el pinchazo.
La zona de la columna donde se va a realizar la punción se limpia con un antiséptico. Se puede inyectar una pequeña cantidad de un anestésico local que puede producir una sensación de picor y escozor. Esto no siempre es necesario pues así nos dan dos pinchazos, pero en aquellas personas que tengan mucho miedo o con espaldas difíciles se puede poner la anestesia.
Seguidamente se introduce una aguja especial o trócar y su punta se debe situar dentro del canal espinal. A veces para conseguir llegar al espacio subaracnoideo es necesario realizar más de un pinchazo. A partir de este trocar se mide la presión del LCR (líquido cefalorraquídeo) y se obtienen las muestras para los análisis pertinentes (bioquímica, microbiología...). A veces mientras están realizando la punción nos mandarán toser para ver si el líquido se mueve adecuadamente y comprobar así que están en el sitio correcto.
En ocasiones mientras la aguja está dentro del saco dural puede tocar algún nervio y entonces se puede notar un calambre o descarga que baja por la pierna. No pasa nada y enseguida desaparece, por lo que debemos evitar, dentro de lo posible, el realizar movimientos.
Ya sólo queda sacar la aguja y volver a desinfectar la zona con el antiséptico. Después es importante mantenernos tumbados como mínimo una media hora, lo ideal son dos horas, a ser posible boca abajo y sin almohada, para evitar que nos duela luego la cabeza. Algunos médicos recomiendan ingesta abundante de líquidos para reponer el extraído aunque esto se deberá consultar con el médico que realice la prueba.