Durante la era prehispánica, la región que hoy ocupa el estado de Colima fue asiento de varios grupos étnicos que florecieron en el Occidente Mexicano. La región estuvo habitada por varios señoríos (no reinados como erróneamente se expresa por algunos historiadores) que se disputaban el territorio antes de la llegada de los conquistadores españoles. A principios del siglo XVI, los purépecha o tarasco alcanzaron a dominar hasta las salitreras de Tzacoalco, propiedad de los tecos, a causa de esto el Rey Colimán o Tlatoani Colimotl los derrotó, tras la Guerra de la Salitre con la que los Tecos tomaron Sayula, Zapotlán y Amula e incluso alcanzaron a llevar su dominio hasta Mazamitla, logrando que el señorío de Colima se convirtiera en el grupo predominante. Después de la toma de Tenochtitlan por los españoles y de haber subordinado a los purépechas, el emisario de Hernán Cortés, Francisco Montaño, que se había aventurado hasta Tzintzuntzan, recogió un informe de los michoacanos que decían que al poniente del imperio del Caltzontzin se encontraba un lugar dominado por el Rey de Colima. Hernán Cortés, pensó en conquistar Colima, pero Juan Rodríguez de Villafuerte precipitó sus planes al desobedecer sus órdenes y ser el primero en explorar la zona, a su llegada a Trojes es derrotado en una emboscada del Rey Colimán. Poco después decidió encargarle la empresa a Juan Álvarez Chico. Éste salió con un pequeño ejército por el camino de Toluca, hacia la costa Michoacana. Al cruzar con los suyos, un desfiladero en Colima los colimotes los atacaron por sorpresa, muriendo en la batalla Juan Álvarez Chico junto con otros españoles que fueron derrotados en la Batalla. Después de esta derrota la expedición punitiva fue confiada a Cristóbal de Olid que en 1522 fue enviado a conquistar Michoacán, provincia que conquista en nombre de Hernán Cortés, y ya que se encontraba por los rumbos, fue enviado a auxiliar a Juan Álvarez Chico en la provincia de Colima, donde él también fue derrotado por el Rey Colimán en el Paso de Alima. Cortés confía la siguiente expedición a Gonzalo de Sandoval, que derrota en Colima a los colimenses, donde es muerto el Rey Colimán. Tras consumarse la conquista de México, el mismo Sandoval fundó en Caxitlán la Villa de Colima el 25 de julio de 1523, pero debido a problemas de insalubridad tuvo que trasladar el asentamiento al lugar que hoy ocupa. En 1533 Hernando de Grijalva zarpó desde las costas de la región para descubrir el Archipiélago de Revillagigedo. Durante la época colonial el Puerto de Tzalahua (Manzanillo ) se destacó como un importante sitio de defensa y comercio para la Nueva España.

Durante el movimiento de independencia, la capital fue tomada por los insurgentes a finales de 1810 sin encontrar resistencia realista y fue recuperada por el ejército virreinal en 1811. Finalmente en 1857 Colima alcanzó la categoría de estado.