Las guerras de conquista
Gran Bretaña reanudó la guerra naval con Francia en abril de 1803. Hasta 1805 Napoleón sólo tuvo que batallar contra los británicos. En este año, Rusia, Suecia, Austria y Nápoles se unieron a Gran Bretaña en la antifrancesa Tercera Coalición.
Para atacar a Inglaterra, el problema era el mismo de 1798: para cruzar el Canal, los franceses tenían que tomar el control del mar.
Estrategia naval franco-española
Napoleón descartó su plan de invadir Inglaterra que consistía en un ataque de 2.000 navíos y la concentración de su Grande Armée en el campo de Boulogne.
Muy inferior a la Marina inglesa, la flota francesa necesitaba la ayuda de los españoles; e incluso unidas las dos flotas no podían esperar derrotar más de uno de los escuadrones británicos. España fue inducida a declararle la guerra a Inglaterra en diciembre de 1804 y se decidió que los escuadrones españoles y franceses concentrados en las Antillas como señuelo pusieran una trampa, atrayendo así a un escuadrón británico a estas aguas con el fin de balancear las fuerzas entre el navío franco-español y el británico. Una batalla en la entrada al Canal podría entonces pelearse con posibilidades de éxito.
El plan falló tras la dramática derrota naval de Trafalgar, donde la flota británica comandada por el Almirante Nelson destruyó gran parte de las flotas de Francia y España y dirigió sus ejércitos contra las fuerzas austro-rusas, a las que derrotó en la batalla de Austerliz (1805).
Conquistó el reino de Nápoles; se autoproclamó Rey de Italia, desintegró las Provincias Unidas, y fundó el Reino de Holanda, al frente del cual situó a su hermano Luis, y la mayoría de los estados alemanes y que quedó bajo su protección.
Prusia y Rusia forjaron una nueva alianza y atacaron a la Confederación. Napoleón derrotó al ejército prusiano y al ruso. Estableció el Tratado de Tilsit con el Zar Alejandro I por el que se redujo el territorio de Prusia.
No habiendo podido vencer a los británicos militarmente, Napoleón impuso el bloqueo sobre las mercancías inglesas con el propósito de arruinar su comercio. Portugal fue una de las naciones que no se plegó al bloqueo. Debido a la debilidad militar española en el momento y tras la pérdida de su armada en la batalla de Trafalgar, se firmó un tratado, en el que se permitía a Napoleón entrar en España con su ejército para derrotar a Portugal y cerrar las rutas comerciales inglesas. Tras cruzar la frontera española, Napoleón decidió incluir a España en su imperio. El mismo Napoleón comandó las fuerzas que invadieron España y derrotaron al ejército de este país. También derrotó al ejército inglés que vino a la ayuda de España. Finalmente conquistó Portugal y en 1808 colocó a su hermano José en el trono de España.
Tras la partida de Napoleón, el pueblo español se rebeló, iniciando la guerra entre las tropas francesas y las españolas (apoyadas por Gran Bretaña), teniendo un papel fundamental la lucha de guerrilla. Por otra parte, Austria rompió el pacto con Francia y Napoleón se vio obligado a comandar sus fuerzas en los frentes del Danubio y Alemania. El ejército francés derrotó al austríaco.
Tras este triunfo, conquistó los Estados Pontificios. Tras aliarse nuevamente con Austria, Napoleón contrajo matrimonio con María Luisa, hija del monarca austríaco, Francisco I, una vez repudiada Josefina al no poder darle un heredero. Con este enlace vinculaba su dinastía a la más antigua de la casas reales de Europa, con la esperanza de que su hijo, nacido en 1811 y al que otorgó el título de Rey de Roma como heredero del Imperio, fuera mejor aceptado por las monarquías reinantes.
El Imperio alcanzó su máxima amplitud en 1810.