Fratello minore del filosofo Bertrando, nacque da un'agiata famiglia abruzzese: i suoi genitori Eustachio e Maria Anna Croce, della stessa famiglia del Benedetto Croce, che fu affidato alla sua tutela dopo la morte dei genitori nel terremoto di Casamicciola del 1883. Ricevette la prima educazione a casa e, nel 1836, venne inviato a proseguire gli studi nel Seminario di Chieti, dove già studiava il fratello; completò gli studi nel seminario di Montecassino . Nel 1843 si trasferì a Napoli, dove lavorò come precettore dei figli del magistrato Benedetto Croce, fratello di sua madre e nonno dell'omonimo filosofo. Qui entrò in contatto con il pensiero liberale ed hegeliano. Venne, però, ben presto costretto ad abbandonare la città per il suo orientamento politico: soggiornò in Toscana, dove strinse forti legami con la classe politica moderata locale. Tornò a Napoli nel febbraio del 1848, dopo la concessione della Costituzione, e fondò il quotidiano Il Nazionale, il cui primo numero uscì il 1º marzo 1848: il giornale divenne presto punto di riferimento della borghesia liberale, ma venne apprezzato anche dagli ambienti più conservatori e filoborbonici. Venne eletto deputato. Dopo che Ferdinando II di Borbone il 15 maggio 1848 revoca la Costituzione  e bombarda zone di Napoli dove erano i ribelli, Silvio Spaventa, accusato di aver sostenuto la resistenza del generale Guglielmo Pepe, venne arrestato (19 marzo 1849) e rinchiuso nel carcere di San Francesco. Riconosciuto colpevole di cospirazione contro la sicurezza interna dello Stato e sedizione, venne condannato a morte per impiccagione (8 ottobre 1852), ma ebbe poi la pena commutata in ergastolo; rimase nel carcere di Santo Stefano per sei anni, durante i quali si dedicò agli studi politici e filosofici; l'11 gennaio 1859 la pena venne nuovamente commutata in esilio perpetuo. Il piroscafo Stewart, che doveva condurlo insieme ad altri 68 condannati politici in America, in seguito all'ammutinamento organizzato dal figlio di Luigi Settembrini, ufficiale della marina britannica, lo condusse in Irlanda (6 marzo 1859); da qui raggiunse Londra e quindi Torino, dove entrò in contatto con Cavour divenendo uno dei fedeli seguaci e uno dei principali fautori della sua politica. Venne inviato nuovamente a Napoli da Cavour, nel luglio 1860 per preparare all'annessione di quei territori meridionali a quello che poi sarebbe divenuto Regno d'Italia. Tornò a Napoli ad ottobre, assumendo la carica di ministro di Polizia nel governo luogotenenziale (dal novembre 1860 al luglio 1861. Sedette nella Camera dei deputati ininterrottamente dal 1861 al 1889, tra le file della Destra storica. Organizzò la repressione del brigantaggio meridionale e delle manifestazioni torinesi del 1864 provocate dalla Convenzione di settembre che prevedeva anche lo spostamento della capitale a Firenze. Nel 1868 venne nominato Consigliere di Stato; viene ricordato ancor oggi il suo famoso discorso sulla "giustizia nell'amministrazione" del 6 maggio 1880. Fu ministro dei Lavori Pubblici (dal luglio 1873 al marzo 1876): in tal veste, fu l'autore del progetto di legge che prevedeva la nazionalizzazione della rete ferroviaria, causò la caduta del governo e la fine della Destra storica, nel marzo 1876. Nominato Senatore del Regno nel 1889, per interessamento di Francesco Crispi divenne anche presidente della IV sezione del Consiglio di Stato. Spaventa fu uno dei più originali teorici del liberalismo nell'Italia dell'Ottocento: fu sostenitore di uno Stato forte ma non autoritario e sostenne tenacemente la rigorosa separazione della sfera politica da quella amministrativa. Morì a Roma il 20 giugno 1893. Ebbe funerali di Stato e la sua salma è sepolta nel cimitero del Verano