Il padre, sovrintendente alle acque e alle foreste di Chteau-Thierry e appassionato lettore di classici, avrebbe voluto per il figlio una vita clericale e quindi lo inserì nel 1641 nella Congregazione dell'Oratorio. La Fontaine però sviluppò fin da giovane l'amore per la letteratura, e abbandonati l'anno seguente gli studi ecclesiastici, studiò giurisprudenza fino al raggiungimento della laurea nel 1649. Nel 1647, a ventisei anni, si sposò con la quattordicenne Marie Héricart, dalla quale ebbe un figlio, ed ereditò il lavoro del padre alla sovrintendenza di Chteau-Thierry nel 1652. Nel 1654 pubblicò il suo primo scritto basato su un adattamento dell'"Eunuco". Dopo pochi anni  si separò dalla moglie e si trasferì a Parigi, dove prese a condurre una vita piuttosto oziosa questo lo fece cadere in disgrazia e in gravi difficoltà finanziarie. Poco tempo dopo, divenne "gentiluomo servente"  di Madame de la Sablière, intenditrice di filosofia e scienza, il cui salotto era frequentato dai personaggi più ingegnosi dell'epoca. Frequentò letterati del calibro di Jean Racine, Molière e Madame de La Fayette. Nel 1683 fu eletto membro dell'Académie Française. Lui stesso si definì «anima inquieta e ovunque ospite di passaggio». Se complessivamente si dimostrò uno spirito perplesso, tipica caratteristica dell'uomo copernicano. Attinse dalla grande lezione di François Rabelais per evitare qualunque codificazione del gusto e costrizione della fantasia, e questo fatto lo rese un anticipatore della stagione illuminista. Il poemetto idillico Adonis, scritto tre anni dopo e rimaneggiato nel 1669. L'opera, ampiamente lodata da Paul Valéry per la purezza dei versi, descrisse gli amori di Adone e Venere.  In qualunque caso nella prima parte della raccolta già si pregustò l'atmosfera delle Favole. Il successo ottenuto dalle novelle indusse l'autore a ristamparle, ampliandole, ("Racconti e novelle in versi") nel 1666 dove già il lettore venne immerso nell'elemento magico tipico delle Favole. In seguito riuscì a pubblicare una prima raccolta di Favole nel 1668("Favole scelte diversificate") e una seconda nel 1679. La Fontaine si presenta come il continuatore di Esopo e Fedro ed il discepolo di Epicuro; ha spesso intenzioni morali e la satira contrasto sono fra i suoi metodi preferiti. Fra le favole più celebri "Il gallo e la volpe", "Il corvo e la volpe", "Il gatto e la tigre". È sepolto nel cimitero parigino  Père Lachaise.