As principais bacias hidrográficas são:

•   A Bacia Amazônica
  
•   A Bacia do Prata
  
•   A Bacia do Rio São Francisco
  
•   Lagos do Rio Doce
  
•   Áreas Alagadas e Pntanos
  
•   Pantanal
  

 

Fonte: Águas Doces no Brasil - Capital Ecológico, Uso e Conservação. 2.° Edição Revisada e Ampliada. Escrituras. São Paulo - 2002. Organização e Coordenação Científica: Aldo da C. Rebouças; Benedito Braga. Capítulo 05 - Ecossistemas de Águas Interiores. J