Rotas comerciais portuguesas de Lisboa a Nagasaki entre 1580-1640 (vermelho). E a rota comercial alternativa espanhola, criada em 1565, o chamado galeão de Manila(amarelo)

O Império Português em África e no Oriente foi essencialmente marítimo e comercial, localizado em regiões costeiras. A vasta rede de feitorias e fortalezas facilmente abastecíveis por mar,^[38] reforçadas pela acção das missões religiosas em terra, permitiram aos portugueses controlar e dominar o comércio de especiarias, de pedras preciosas, da seda e da porcelana. Lisboa era o "empório" da Europa.

Em Lisboa a "Casa da Índia" administrava o monopólio da navegação e do comércio com o oriente, mantendo a Coroa como reguladora. Criada entre 1500 e 1503,^[39] foi sucessora de instituições semelhantes, como a Casa da Guiné e a Casa da Mina, para acompanhar a expansão comercial no oriente.

A Casa da Índia administrava as exportações para Goa, centro do império oriental, o desembarque de mercadorias orientais e a sua venda em Lisboa. O monopólio régio incidia sobre as principais especiarias - pimenta, cravinho e canela e exportação de cobre, com grande procura na Índia- cobrando uma taxa de 30% no lucro dos restantes produtos. A distribuição na Europa era feita através da Feitoria Portuguesa de Antuérpia.

Basílica do Bom Jesus, Goa Velha, Património Mundial da UNESCO, onde se encontra desde 1655 o túmulo de S. Francisco Xavier.

Carraca Portuguesa. Painel japonês do período Nanban do Japão.

Em 1506 cerca de 65% dos proveitos do reino vinham de taxas sobre as actividades além-mar. Em 1518 só o lucro das especiarias^[40] representava 39% da receita da Coroa,^[41] o que levaria Francisco I de França a apelidar D. Manuel I de Portugal "le roi épicier", ou seja, "o rei merceeiro".

Ao longo de cerca de 30 anos, de 1503 a 1535, os portugueses conseguiram ultrapassar o comércio de especiarias veneziano do Mediterrneo,^[42] projectando Antuérpia como grande centro comercial da Europa. O estilo Manuelino atesta ainda hoje prosperidade do reino em obras como o Mosteiro dos Jerónimos, encomendado pelo rei D. Manuel I e iniciado em 1502, pouco depois de Vasco da Gama ter regressado da Índia. Financiado em grande parte pelos lucros do comércio de especiarias, grande parte da sua construção seria realizada até 1540, no reinado de D. João III.

A receita começou a declinar em meados do século, devido aos custos da presença em Marrocos e a gastos perdulários. Portugal não desenvolvera as infraestruturas domésticas para acompanhar a actividade, confiando em serviços exteriores para suportar as suas actividades comerciais, fazendo com que grande parte da receita se dissipasse no processo.

No oriente desde 1510, a política do governador-geral Afonso de Albuquerque encorajou os casamentos mistos, permitindo o aparecimento de uma comunidade euroasiática em Goa.

Além do comércio com a Europa, os portugueses encontraram um lucrativa fonte de rendimento no comércio triangular China-Macau-Japão.^[43] Desde a sua fundação Macau cresceu à custa deste lucrativo comércio, baseado na troca de seda e ouro da China por prata do Japão, iniciado a partir de 1540, quando os mercadores portugueses começaram a vender os produtos chineses ao Japão.

Em apenas uma década, Macau tornou-se no entreposto e intermediário-chave no comércio entre a China e o Japão, especialmente quando as autoridades chinesas proibiram o comércio directo com o Japão por mais de cem anos. Nestas circunstncias, os portugueses ganharam o monopólio, fazendo de Macau uma grande cidade comercial que atingiria o seu auge durante os finais do século XVI e os inícios do século XVII.

No Japão, a actividade comercial em Nagasaki originaria o período de comércio Nanban durante o qual uma intensa interação com os europeus ocorreu tanto a nível econômico como religioso.

Em 1549, após um pico especulativo, a Feitoria Real de Antuérpia faliu e foi encerrada.^[44] O trono confiava crescentemente no financiamento externo e em 1560 a receita da Casa da Índia não era suficiente para cobrir as suas despesas: a monarquia tinha entrado em ruptura. A política portuguesa de monopólio real foi atenuada em 1570 e seria abandonada em 1642, com a crise sucessória e a dinastia filipina, passando a Casa da Índia a ter um carácter de alfndega.