Los campesinos de San Giovanni Rotondo recuerdan con gran alegría el evento siguiente. Era en primavera, florecieron los árboles de almendras prometiendo una buena cosecha. Pero desgraciadamente millones de orugas voraces llegaron y devoraron  las hojas y  las flores.  No dejaron ni siquiera la cáscara. Después de dos días y después de intentar detener esa invasión, los campesinos  estaban muy preocupados, ya que para muchos de ellos las almendras eran el único recurso económico - decidieron contarle al Padre Pío el problema. El Padre Pío tenía una hermosa  vista de  los árboles a través  de su ventana  en el convento y  decidió bendecirlos.  Se puso las sagradas vestiduras y empezó a orar. Cuando  terminó, tomó el agua bendita e hizo la señal de la Cruz en el aire, en  dirección a los árboles. De inmediato desaparecieron las orugas, y al día siguiente de que las orugas habían desaparecido,  los árboles de  almendras,  parecían nuevamente tener los retoños. Era un desastre; la cosecha  estaba perdida.  ¡Lo que pasó luego es realmente increíble!  Teníamos de repente la cosecha más abundante; ¿Cómo es posible que tuviéramos una cosecha más abundante que las que normalmente teníamos? Antes nunca, en tiempos normales habíamos tenido una cosecha así. Los científicos nunca han podido dar una explicación a éste fenómeno.

En el jardín del convento habían varios tipos de  árboles; los cipreses, algunos de fruta y algún pino. Sobre todo por las tardes de verano, el Padre Pío disfrutaba del clima, en la sombra, junto con sus amigos, y algún invitado, Una vez cuando el Padre Pío estaba hablando con algunas personas, repentinamente muchísimos pájaros comenzaron a cantar y a hacer  ruido a la sombra de los árboles. Los pájaros habían compuesto una sinfonía allí; Mirlos, gorriones, y otras especies. El Padre Pío se molestó por la sinfonía, y  mirando a los pájaros les dijo: “silencio "  En ese mismo instante, los pájaros, los grillos y las cigarras se quedaron callados.  ¡Las personas que estaban en el jardín, se encontraban profundamente sorprendidas! De hecho el Padre Pío había hablado a los pájaros, al igual que  San Francisco.