Nacque in una famiglia un tempo benestante essendo stato suo bisnonno il cocchiere ufficiale di papa Pio IX; la sua azienda con i cavalli e le carrozze andò però distrutta a causa di un'esondazione del fiume Tevere e la famiglia Funari divenne perciò poverissima. Il padre era un tipografo romano di idee socialiste e la madre Laura una casalinga. Come primo impiego lavorò presso la Manetti & Roberts, in seguito presso una ditta di acque minerali in qualità di rappresentante e successivamente, grazie ad un incontro fortuito con un ispettore esperto di gioco d'azzardo, si appassionò al mondo dei casinò e decise di lavorare come croupier prima a Saint-Vincent e poi per undici anni a Macao, diventando il direttore di una casa da gioco. Dopo alcune esibizioni amatoriali come cabarettista in vari locali romani come Il Giardino dei Supplizi e il Sette per Otto, nel 1967 . il 30 aprile 1969 interpretò dei monologhi di satira di costume. Il 1970 fu l'anno del debutto televisivo con la partecipazione al programma La domenica è un'altra cosa cui fece seguito il programma  Foto di gruppo (1974. Per la seconda rete, nel 1975, conduce, insieme a Minnie Minoprio e il Quartetto Cetra, la trasmissione "Più che altro un varietà". Nel 1976 condusse insieme a Claudio Lippi il programma televisivo Per una sera d'estate. Nel 1978 scrisse un romanzo, Famiglia svendesi, e l'anno seguente recitò nel film Belli e brutti ridono tutti. Come conduttore di programmi di attualità debuttò sul piccolo schermo a Telemontecarlo nel 1980, con la trasmissione Torti in faccia. Condusse poi  Aboccaperta , che andrà in onda dal 1984 al 1987. Nella prima parte del 1985 conduce anche il programma domenicale Jolly goal. Nel 1987 Funari sposò in seconde nozze Rossana Seghezzi, ballerina della Scala (da cui si separerà nel 1997) e iniziò a condurre su Rai 2 la trasmissione Mezzogiorno è, che andrà avanti per tre stagioni nella fascia meridiana, fino a quando, a causa dell'invito fatto a La Malfa e non gradito dai vertici dell'azienda, fu allontanato; finchè tornò con Mezzogiorno italiano su Italia 1 (1991-1992). In quegli anni inventò un nuovo modo di fare pubblicità, "sposando" letteralmente il prodotto (mortadella, pigiami), che Funari portava in trasmissione all'interno dei programmi. Fu testimonial dal 1988 al 1990 per la carne in gelatina Manzotin, e dal 1992 al 1995 per il quotidiano nazionale L'Indipendente nel 1994), oltre ad essere stato sempre nei primissimi anni '90 testimonial dell'Innocenti. Nel periodo di Mani Pulite, la critica politica dei programmi di Funari si fece molto più serrata, attaccando ancora di più i partiti coinvolti negli scandali. Funari fu costretto a lasciare anche la Fininvest, presso cui sarebbe tornato, dopo una stagione di distacco, con le strisce giornaliere Funari news e Punto di svolta (1993-1995) e il programma del sabato sera L'originale su Retequattro (1994-1995). Dopo la breve parentesi alla direzione del quotidiano L'Indipendente tornò alla televisione con il suo debutto su Odeon Tv e Cinquestelle tv, per cui condusse Funari live e L'edicola di Funari. Fu il primo esperimento in Italia di una diffusione satellitare in diretta su circuiti televisivi minori. Nella stagione 1995-1996 tornò in Rai con Napoli capitale, un talk-show politico diretto da Anna La Rosa che ebbe vita breve. Di nuovo senza contratto, Funari riprovò, andando in onda in tutta Italia tramite un circuito di piccole emittenti locali, con Zona Franca, un esperimento già tentato qualche anno prima durante il momentaneo distacco dalle reti Fininvest. Ad Antenna 3 Lombardia conobbe Morena Zapparoli, che sarebbe diventata sua terza moglie il 24 aprile 2004. Subì un delicato intervento al cuore che minò la sua salute ma non la sua verve polemica. Nel 2000 fu ospite fisso di Antonella Clerici e Maria Teresa Ruta in A tu per tu di Mediaset, tornato alla sua fascia oraria prediletta, quella delle "casalinghe". La trasmissione durò solo una stagione e Funari tornò sui circuiti minori come quello di Odeon e Cinquestelle. Negli anni del nuovo millennio, Funari intervenne più volte a dibattiti sulla storia della televisione, della quale è considerato una vera e propria leggenda. Nel 2005 fu spesso ospite a Markette e Matrix. In quest'ultimo programma, condotto da Enrico Mentana, avviò una polemica con Michele Santoro per la sua partecipazione a Rockpolitik. Considerandosi anch'esso un epurato, non accettò il vittimismo del giornalista. Nel dicembre dello stesso anno fece ancora parlare di sé con il suo appello lanciato durante l'intervista-verità di Paolo Bonolis, nel corso di una puntata del talk-show Il senso della vita: «Ho fatto cinque by pass, tutt'e due le coronarie e tra poco tocca all'arteria femorale. Io ormai la vita me la so' giocata, ma voi ragazzi, vi prego, non fumate. Non fumate!». Sempre nel corso di quella puntata disse commosso queste parole rivolto a sua moglie: «Mi auguro di poter morire con tanta serenità, da poter sottrarre a mia moglie con un sorriso il dolore che le darò quando morirò.» Nel 2007 Funari pubblicò un calendario curato da Marco Falorni, "marzo 2007 - febbraio 2008, anno secondo GF", in cui mese per mese ripercorreva con Marco Travaglio e Giancarlo Caselli gli scandali che hanno colpito l'Italia in questi ultimi anni. Funari apparve anche come attore in film per il cinema (Simpatici e antipatici nel 1998, Nessun messaggio in segreteria,nel 2005), in fiction televisive (Lo sbirro e in opere teatrali (Candido soap opera musical. Recitò infine nei cortometraggi Re Lear - otto Flashback e 500 mila leoni. Nel secondo, di cui era unico protagonista, venivano raccontati gli ultimi momenti di vita di Johnny Weissmuller, l'attore che negli anni trenta aveva interpretato Tarzan e che morì il 20 gennaio 1984 di edema polmonare nella sua casa di Acapulco. Questo cortometraggio fu premiato al festival di Locarno. Funari tornò in video su circuiti nazionali nell'aprile del 2007, il sabato sera in prima serata su Rai Uno, con la trasmissione Apocalypse Show, uno spettacolo che univa lo show alla denuncia sociale,  incentrato su un'ipotetica, prossima apocalisse ecologica.A fine 2007 Gianfranco Funari condusse su Odeon TV i suoi due ultimi programmi, "La storia siamo io" e "Funari Late show". All'inizio del 2008, Funari viene ricoverato all'ospedale San Raffaele di Milano dove, dopo essere andato in coma diabetico e per 2 volte in coma farmacologico, a causa dell'insorgere di gravissime complicazioni polmonari si è spento all'alba del 12 luglio all'età di 76 anni. La salma è stata tumulata nel Cimitero Monumentale di Milano.